Практикум 4  
 

Практикум 4

1. Характеристики A, B и Z форм ДНК

outfile

seqout

Рис.1.
Предсказанная по алгоритму Зукера вторичная структура тРНК
Участок структуры Позиции в структуре (по результатам find_pair) Результаты предсказания с помощью einverted Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель 1..7 — 72..66 1..9 — 31..23 1..7 — 71..65
D-стебель 10..13 — 25..22 — 9..13 — 26..22
T-стебель 49..53 — 65..61 34..48 — 69..55 48..52 — 64..60
Антикодоновый стебель 26..32 — 44..38 — 27..31 — 43..39
Общее число канонических пар нуклеотидов 19 17 20
Рис.1.
Наибольшее количество контактов с остовом ДНК обеспечивает Lys113. Его положительно заряженный радикал связывается с отрицательными фосфатными группами. Это обеспечивает неспецифическую стабилизацию комплекса, "якорную функцию".
Рис.1.
Специфичность к последовательности GAATTC достигается за счет Arg145, который проникает в большую бороздку ДНК и образует водородные связи непосредственно с азотистыми основаниями.