Для задания был выбран организм: домашняя лошадь
Латинское название: Equus caballus
Английское название: Domestic horse
| Параметр | Значение | Описание |
| Идентификатор GenBank | GCA_041296265.1 | - |
| Идентификатор RefSeq | GCF_041296265.1 | - |
| Уровень сборки генома | Chromosome | - |
| Общий размер генома (п.н.) | 2.8 Gb | - |
| Число фрагментов генома в сборке | контигов - 629, скэффолдов - 624 | - |
| Параметр Scaffold N50 | 99.2 Mb | Длина скэффолда, для которого всё скэффолды длиннее, включая этот, покрывают больше 50% генома |
| Параметр Scaffold L50 | 12 | Наименьшее число скэффолдов, в которых собержится более 50% всех нуклеотидов сборки |
| Параметр Contig N50 | 99.2 Mb | Длина контига, для которого всё контиги длиннее, включая этот, покрывают больше 50% генома |
| Параметр Contig L50 | 12 | Наименьшее число контигов, в которых собержится более 50% всех нуклеотидов сборки |
Для анализа был выбран белок коллаген - фибриллярный белок, составляющий основу соединительной ткани организма.
Для поиска в NCBI я использовала Advanced Search в базе данных Nucleotide:
Запрос collagen[Title]
| Параметр поиска | Количество записей |
| Всего записей | 163,669 |
| Гены с "collagen" в названии | 3,998 |
| Записи генов из GenBank | 22,161 |
| Записи генов из RefSeq | 141,493 |
| Записей мРНК из GenBank | 16,206 |
| Записей мРНК из RefSeq | 137,542 |
(collagen[Title]) AND Homo sapiens[Organism]
| Тип последовательности | Количество записей |
| genomic DNA/RNA из RefSeq | 43 |
| genomic DNA/RNA из GenBank | 741 |
| mRNA из RefSeq | 696 |
| mRNA из GenBank | 2,476 |
| Всего | 3956 |
Также использовался Advanced Search
| Тип последовательности | Поисковый запрос | Количество записей |
| мРНК человека | description="collagen" AND mol_type="mrna" | 2557 |
| Гены белков человека с collagen в названии | tax_tree(9606) AND description="collagen" | 294 |