Белок ASPG2_ECOLI в банках Swiss-Prot и TrEMBL.

На главную страницу второго семестра

  1. Извлекаю из БД SwissProt документ, содержащий информацию о белке ASPG2_ECOLI.
  2. Изучаю полученный документ, заполняю таблицу:

     

    Метка поля

    Содержание

    Код доступа ("Accession number") AC P00805
    Идентификатор последовательности в БД ID ASPG2_ECOLI
    Название (краткое описание) белка DE L-asparaginase II precursor (EC 3.5.1.1) (L-asparagine amidohydrolaseII) (L-ASNase II) (Colaspase)
    Дата создания документа DT 21-JUL-1986 (21 июля 1986 г.)
    Дата последнего исправления аннотации DT 07-FEB-2006 (07 февраля 2006 г.)
    Название организма OS Escherichia coli
    Полное название таксона OC Bacteria; Proteobacteria; Gammaproteobacteria; Enterobacteriales; Enterobacteriaceae; Escherichia
    Длина последовательности ID 348 АА (а.о. – аминокислотных остатков)
    Молекулярная масса белка SQ 36851 MW
    Число публикаций, использованных при создании документа RN 12
    Название журнала с самой свежей публикацией RL Science 277:1453-1474(1997)
    Описание вторичной структуры FT Описание вторичной структуры есть. Оно содержит следующее: перечисление альфа-спиралей, бета-тяжей, поворотов с указанием соответствующих номеров а.о.
    Что содержит поле комментариев? CC Поле комментариев содержит следующие пункты: каталитическая активность, биохимические свойства, субъединичное строение, внутриклеточное расположение, индукция, фармацевтические свойства, разнообразие, принадлежность к семейству, база данных (специальная, вот адрес http://www.worthington-biochem.com/ASPR/) .
    Какие особенности последовательности указаны? FT Указаны следующие особенности:
    • номера а.о. ( с 1ой по 22ую) сигнальной последовательности;
    • номера а.о. цепи (каждого из мономеров);
    • номера а.о., являющихся активными сайтами (в частности, Thr34; Thr111; Asp112; Lys118);
    • измененный при мутагенезе а.о. (соответственно, № этого а.о., произведенная при мутагенезе замена Thr->Ala) и влияние на активность (мутация значимая);
    • номер а.о. – Thr141 -, ответственного за связывания с субстратом;
    • номера а.о. (99 и 127), между которыми образуется дисульфидный мостик;
    • несоответствия в указании ряда а.о. ранних публикаций, предложены соответствующие замены.
    Идентификаторы записей PDB DR 1HO3, 1IHD, 1JAZ, 1JJA, 1NNS, 3ECA, 4ECA

  3. Определяю, сколько документов в БД UniProt содержит белки с тем же кратким описанием (DE), что и исследуемый белок.
  4. Результаты описываю в виде таблицы:

     Запрос Число документов
    в SwissProt    		 Число документов
    в TrEMBL
    L-asparaginase II precursor210
    EC 3.5.1.1108627
    L-asparagine amidohydrolase II32
    L-ASNase II12
    Colaspase11

Информация о белке http://au.expasy.org/cgi-bin/get-sprot-entry?P00805

©NADEZDA TUKHTUBAEVA,2006