Отчет по работе с базой данных InterPro

На главную страницу второго семестра

Описание документа InterPro

На главной странице БД InterPro был проведен поиск документов по АС (р00805) исследуемого белка . Найдено 2 документа. Был выбран документ IPR006034. "Критерий отбора" - наибольшее количество подписей (поле "Signatures") в документе.

Вот данные документа:

Описание подписей в белке ASPG2_ECOLI, собранных в базе данных InterPro

Найдено полное описание всех известных подписей в аминокислотной последовательности белка ASPG2_ECOLI
(порядок действий: в поле "Matches" выбрано подробное описание с сортировкой по имени белка ("Detailed: sorted by names"). На появившейся странице в меню Select выбрано Protein accession и введен код доступа исследуемого белка. Затем выбрано "detailed"; "View").
Все мотивы в последовательности можно представить графически (по данным InterPro):

Информация о подписях в белке ASPG2_ECOLI.

Название подписи
Положение в последовательности ASPG2_ECOLI
Полное название базы данных
* Название организации, поддерживающей данную БД
* Город и страна
FGGY_KINASES_2 256-277 Prosite (NiceSite View; ExPASy) Swiss Institute of Bioinformatics Geneva, Swiss
asnASE_II 1-348 TIGR-CMR (Comprehensive Microbial Resource) The Institute for Genomic Research Rockville, US
Asp/Glutamnse 40-348 ProDom The ProDom team Toulouse, France
Asparaginase 25-342 Pfam Sanger Institute Cambridge, UK
ASNGLNASE 26-37; 103-121; 282-300 PRINTS-S database (SPRINT) UMBER (University of Manchester Bioinformatics Education and Research) Manchester, UK
ASN_GLN_ASE_1 28-36 Prosite (NiceSite View; ExPASy) Swiss Institute of Bioinformatics Geneva, Swiss
ASN_GLN_ASE_2 104-114 Prosite (NiceSite View; ExPASy) Swiss Institute of Bioinformatics Geneva, Swiss
Asp/Glutamnse 23-348 Superfamily MRC Laboratory of Molecular Biology/ European Bioinformatics Institute/Stanford University Cambridge,UK/Hinxton/USA


©NADEZDA TUKHTUBAEVA,2006