Мотивы в белке ASPG2_ECOLI, описанные в БД PROSITE.

На главную страницу второго семестра

Цель: найти и описать все мотивы в белке ASPG2_ECOLI (по данным БД PROSITE), в том числе неспецифичные (часто встречающиеся).
Порядок выполнения:
- на главной странице PROSITE вводим в соответствующее окошко (раздел "Tools for PROSITE") AC белка (P00805);
- выполненяем "Quick Scan";
- получаем результат (выданы "неспецифичные" и "специфичные" мотивы). Вернувшись "на шаг назад" и отметив чек-бокс "Exclude patterns with a high probability of occurrence" галочкой, получаем только "специфичные" мотивы.

Результаты: оформлены в виде таблицы:

Мотивы в белке ASPG2_ECOLI, описанные в БД PROSITE

Идентификатор документа PROSITE (AC)	Название мотива	Краткое описание мотива	Тип подписи (паттерн, профиль)	Паттерн (регулярное выражение)	Специфична ли подпись?	Сколько мотивов нашлось в белке?
PS00144	ASN_GLN_ASE_1	Активный сайт аспарагиназы/глутаминазы (1ая подпись) [Asparaginase / glutaminase active site signature 1]	паттерн	`[LIVM]-x(2)-T-G-G-T-[IV]-[AGS]`	специфична	1
PS00917	ASN_GLN_ASE_2	Активный сайт аспарагиназы/глутаминазы (2ая подпись) [Asparaginase / glutaminase active site signature 2]	паттерн	`[GA]-x-[LIVM]-x(2)-H-G-T-D-T-[LIVM]`	специфична	1
PS00008	MYRISTYL	Сайт N-миристоилирования [N-myristoylation site]	паттерн	`G-{EDRKHPFYW}-x(2)-[STAGCN]-{P}`	неспецифична	8
PS00001	ASN_GLYCOSYLATION	Cайт N-гликозилирования [N-glycosylation site ]	паттерн	`N-{P}-[ST]-{P}`	неспецифична	5
PS00006	CK2_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования казеинкиназой II [Casein kinase II phosphorylation site]	паттерн	`[ST]-x(2)-[DE]`	неспецифична	7
PS00005	PKC_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования протеинкиназой C [Protein kinase C phosphorylation site]	паттерн	`[ST]-x-[RK]`	неспецифична	3
PS00004	CAMP_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой протеинкиназами [cAMP- and cGMP-dependent protein kinase phosphorylation site ]	паттерн	`[RK](2)-x-[ST]`	неспецифична	1
PS00007	TYR_PHOSPHO_SITE	Сайт фосфорилирования тирозинкиназой [Tyrosine kinase phosphorylation site]	паттерн	`[RK]-x(2)-[DE]-x(3)-Y` или `[RK]-x(3)-[DE]-x(2)-Y`	неспецифична	1

Всего найдено: 27 мотивов.

В паттернах жирным шрифтом выделены а.о., являющиеся сайтом (активным, фосфорилирования и т.д...).

Наблюдения:
- Начну со "специфичных" мотивов. Это "меньшинство". В "Подсказках..." говорится, что таких мотивов может быть "один-два, а часто — ни одного". В таблицу - 2 "специфичных" подписи. Оказалось, что существует 2 типа подписей активных сайтов аспарагиназ/глутаминаз; что их "устройство" одинаково для аспарагиназ, глутаминаз, глутаминаз-аспарагиназ - неудивительно ,ведь данные ферменты катализируют гидролиз 2х очень близких (по свойствам) аминокислот: аспарагина и глутамина. Доказано, что 2 консервативных треонина несут каталитическую функцию - cоответственно, выделены жирным шрифтом в паттернах; причем треонин мотива ASN_GLN_ASE_1 располагается почти на N-конце, а треонин ASN_GLN_ASE_2 - на конце первой трети последовательности.
- Тип подписи - единственный. Это паттерн. Что ж, очень даже удобный тип подписи!..
- Строгий запрет на пролин в паттернах для FGGY_KINASES_2, MYRISTYL, ASN_GLYCOSYLATION... Оно и понятно: пролин - весьма специфическая по химическим свойствам аминокислота. Ввести на него запрет - оградиться от "нежеланных" находок.
- Про сайт N-миристоилирования: число мотивов, найденных в белке - максимально (8 штук). Но вот что смущает: тут в поле Description речь ведется об эукариотических организмах. Это во-первых. А во-вторых, наряду с паттерном, дается словесное описание: оно соответствует написанному паттерну, но к позиции 5 - уточнение: "серин - предпочтительнее"; для позиций 3-4 (где в паттерне стоит Х(2)) - фраза: "разрешены почти все, если не все, остатки"...
- Про сайт фосфорилирования казеинкиназой II: интересна информация о казеинкиназе (тут в поле Description), о ее субстратной специфичности - интересна в плане "очередных оговорок" к паттерну (например, что серин предпочтительнее треонина - 1ая позиция паттерна, а аспарагиновая кислота предпочтительнее глутаминовой - по 4ой позиции...). В белке ASPG2_ECOLI найдено 7 удовлетворяющих паттерну фрагментов последовательности, причем в 6 из них - на первой позиции треонин, только в 1ом - серин; зато ровно 6 фрагментов последовательности содержат "в 4ой позиции" аспарагиновую кислоту, а 1 - глутаминовую кислоту.
- Про сайт фосфорилирования протеинкиназой C возникли "очередные подозрения": маленький паттерн (только 3 позиции и очевидная "лояльность"). Может, найденный мотив - совпадение?...
- Наконец, про сайт фосфорилирования цАМФ- и цГМФ-зависимой протеинкиназами (*) и сайт фосфорилирования тирозинкиназой(**): опять найдены некоторые "расхождения". Тут и тут в полях Description указывается на "предпочтение" этими киназами N-конца полипептидной цепи. А найдены фрагменты 217-220(*) и 251-258(**) - ну ведь это не N-конец... Хотя в этом же Description говорят, что есть исключения :-).