Отчет по работе с БД Pfam

1. В БД Pfam по AC белка (P00805) найдено описание доменной структуры белка ASPG2_ECOLI (L-аспарагиназы):

   Cхематическое изображение доменной структуры(1)	Домены, отмеченные на пространственной структуре белка ASPG2_ECOLI (PDB ID: 1nns)(2)

   Идентификатор Pfam	Название записи	Полное название домена	Положение в последовательности ASPG2_Ecoli
   PF00710	Asparaginase	Аспарагиназа	25-342

   ⁽¹⁾ - кроме домена Asparaginase (25-342 а.о., зеленый прямоугольник с закругленными концами), в последовательности имеется участок низкой сложности (26-39 а.о., не виден на рисунке), возможный домен Pfam-B_24110 (1-24), сигнальная последовательность (1-22 а.о., обозначение - оранжевый прямоугольник), участок transmembrane (7-29 а.о.).

   ⁽²⁾ - PDB ID: 1nns - общая структура L-аспарагиназы, состоящей из двух субъединиц; в каждой субъединице - по 1 цепи (А и В, соответственно). Положение домена в последовательности для данной структуры указано как 3-320 (в каждой цепи) - естественно, отсутствует сигнальная последовательность; белок кристаллизован.

   Использованы данные БД Pfam ((1) - здесь, (2) - здесь).

   ---

2. Подробное описание домена PF00710.

   • Описание домена (найденное в INTERPRO description ): аспарагиназа катализирует гидролиз аспарагина до аспарагиновой кислоты и иона аммония, что приводит к истощению запасов этой аминокислоты (аспарагина), свободноциркулирующей в плазме крови. На этой реакции основано использование аспарагиназ при лечении злокачественных опухолей,клетки которых имеют пониженную способность производить аспарагин. Когда аспарагина становится мало и ресурсы его в плазме истощаются, опухолевые клетки погибают. 2 консервативных треонина (расп. ближе к N-концу) несут каталитическую функцию.

   • Всего известно 292 белка, содержащих домен PF00710.

   • Где встречаются белки с таким доменом:

     Таксон		Количество белков с доменом PF00710.
     Эукариоты	Протисты*	11
     	Грибы	26
     	Животные	13
     Бактерии		211
     Археи		30

     * - очевидно, при построении Species Tree (запрос по 2ому уровню), используется система 5ти царств живого мира. Итак, из кого "складывались" протисты (данные для таблицы): Entamoebidae(2)+Euglenozoa(5)+Mycetozoa(2)+Diplomonadida(2) = 11.

   • При выполнении следующей части использованы эти материалы.

     Выяснилось, что чаще всего домен PF00710 - единственный домен в белке (273 cлучая).

     Cлучаи перестановки 2-х доменов местами, если один из доменов PF00710, и дупликации - не выявлены.

     Случай "разрыва" домена PF00710 выявлен у структуры Q40UA5_KINRA.

     ---

     ©NADEZDA TUKHTUBAEVA,2006