Для выполнения задания подготовлены три файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате:
Задания выполнялось на сервере kodomo-count.cmm.msu.ru (через UNIX, с использованием соответствующих команд).
1to3.needle | 1to3.water | 1to3.matcher,1 в-т | 1to3.matcher,2 в-т | 1to3.matcher,3 в-т | |
Число гэпов / % | 324 из 348 / 93,1% | 24 из 48 / 50% | 0% | 0% | 0% |
% идентичности | 6,9% | 50% | 100% | 82,4% | 50% |
% сходства | 6,9% | 50% | 100% | 82,4% | 60% |
Вес выравнивания | 99.5 | 99.5 | 64 | 58 | 24 |
Комментарии:
Использованы материалы http://bioweb.pasteur.fr/docs/EMBOSS/matcher.html.
Построено глобальные выравнивания последовательностей из ASPG2_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа. Значение штрафа за продолжение гэпа равно 1.
Штраф за открытие гэпа |
Штраф за продолжение гэпа |
Файл результатов |
10 |
1 |
|
5 |
1 | |
1 |
1 |
Сравнения:
Построена карта локального сходства последовательностей из ASPG2_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher.
dotmatcher.ps | dotmatcher1.ps | dotmatcher2.ps | dotmatcher3.ps | dotmatcher4.ps | dotmatcher5.ps | dotmatcher6.ps | |
Размер окна | 10 | 13 | 16 | 20 | 8 | 6 | 3 |
Порог на суммарный вес | 23 | 23 | 26 | 28 | 23 | 20 | 18 |
Что показывает dotmatcher? Dotmatcher графически отображает участки сходств двух последовательностей в системе координат «ASPG2_ECOLI – thirdprot». Всего было получено 7 карт локального сходства с различными параметрами (файлы dotmatcher.ps, dotmatcher1.ps, dotmatcher2.ps, dotmatcher3.ps, dotmatcher4.ps, dotmatcher5.ps, dotmatcher6.ps; характеристики, заданные для каждого, указаны в таблице).
Сравнение карт локального сходства:
Здесь можно посмотреть исходную версию протокола.