Программы построения глобального и локального выравниваний.


На главную страницу второго семестра

Для выполнения задания подготовлены три файла с аминокислотными последовательностями в FASTA формате:

  1. Выравнивание последовательностей со схожей функцией (возможных гомологов).

  2. Выравнивание последовательностей, содержащих общие участки.

    Использованы материалы http://bioweb.pasteur.fr/docs/EMBOSS/matcher.html.

  3. Параметры программ построения выравниваний.

    Построено глобальные выравнивания последовательностей из ASPG2_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы needle при разных значениях параметра штрафа за открытие гэпа. Значение штрафа за продолжение гэпа равно 1.

    Штраф за открытие гэпа

    Штраф за продолжение гэпа

    Файл результатов

    10

    1

    1to3_10_1.needle

    5

    1

    1to3_5_1.needle

    1

    1

    1to3_1_1.needle

    Сравнения:

  4. Карта локального сходства.

    Построена карта локального сходства последовательностей из ASPG2_ECOLI.fasta и thirdprot.fasta с помощью программы dotmatcher.
    dotmatcher.ps dotmatcher1.ps dotmatcher2.ps dotmatcher3.ps dotmatcher4.ps dotmatcher5.ps dotmatcher6.ps
    Размер окна 10 13 16 20 8 6 3
    Порог на суммарный вес 23 23 26 28 23 20 18

    Что показывает dotmatcher? Dotmatcher графически отображает участки сходств двух последовательностей в системе координат «ASPG2_ECOLI – thirdprot». Всего было получено 7 карт локального сходства с различными параметрами (файлы dotmatcher.ps, dotmatcher1.ps, dotmatcher2.ps, dotmatcher3.ps, dotmatcher4.ps, dotmatcher5.ps, dotmatcher6.ps; характеристики, заданные для каждого, указаны в таблице).

    Сравнение карт локального сходства:

Здесь можно посмотреть исходную версию протокола.


©NADEZDA TUKHTUBAEVA,2006