package count;
 
/**
 * <p>Title: </p>
 * <p>Description: </p>
 * <p>Copyright: Copyright (c) 2007</p>
 * <p>Company: </p>
 * @author not attributable
 * @version 1.0
 */
 
public class count{
  public count() {
  }
 
  public static void main(String[] args) {
      String OPM = "----------------------------------+++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++HHHHHHHHHH----HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-----------HHHHHHHHHHHHHHH++++++++++HHHHHHHHHH-------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++";     
      String TMHMM = "+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH---------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH++++++++++++HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH-------------------HHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHHH+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++ ";
      //*Естественно, строки OPM и TMHMM разные для различных белков (а тут записан частный случай - для рассматриваемых мной аквапоринов). Поэтому соответствующие строки указываются вручную (копируются).
      int len = OPM.length();
      //*Считаем длину строки ОРМ
      int TP = 0, FP = 0, TN = 0, FN = 0, HCount = 0;
  
      for (int i = 0; i < len; i++) {
        char ch1 = OPM.charAt(i);
        char ch2 = TMHMM.charAt(i);
        if (ch2 == 'H') {
          HCount++;
        }
        if (ch1 == 'H' && ch2 == 'H') {
          TP++;
        }
        if (ch1 != 'H' && ch2 == 'H') {
          FP++;
        }
        if (ch1 == 'H' && ch2 != 'H') {
          FN++;
        }
        if (ch1 != 'H' && ch2 != 'H') {
          TN++;
        }
      }
      //*Считаем TP, FP, TN, FN, HCount (число остатков, предсказанных как локализованные в мембране)
  
      double Sensitivity = (double)TP / ((double)TP + (double)FN);
      double Specificity = (double)TN / ((double)TN + (double)FP);
      double Precision = (double)TP / ((double)TP + (double)FP);
      double Overpredicted = (double)FP / ((double)FP + (double)TP);
      double Underpredicted = (double)FN / ((double)TN + (double)FN);
  
      System.out.println("Остатки, предсказанные как локализованные в мембране = "  + HCount);
      System.out.println("TP = "  + TP);
      System.out.println("FP = "  + FP);
      System.out.println("FN = "  + FN);
      System.out.println("TN = "  + TN);
      System.out.println("Sensitivity = " + Sensitivity);
      System.out.println("Specificity = " + Specificity);
      System.out.println("Precision = " + Precision);
      System.out.println("Overpredicted = " + Overpredicted);
      System.out.println("Underpredicted = " + Underpredicted);
      //* Вывод результатов 
    }

  }