Контакты с лигандом

Работа с программой RasMol
Исследовались контакты белка сукцинат дегидрогеназа из Escherichial coli с лигандом флавин-аденин динуклеотид
Флавин-аденин динуклеотид (на рисунке справа выделен голубым цветом, аминокислотные остатки - синим, контактирующие атомы - желтым, зеленым цветом показан оксалоацетатный ион).

Таблица с описанием контактов аминокислотнытных остатков с лигандом
Цепь белка 1-ый контактирующий остаток 2-ой контактирующий остаток Контактирующие атомы Расстояние в А Тип связи
A Ala15 Fad601 N - O3* 2,69 H-Bonds
A Gly14 Fad601 CA - O4* 3 Hydrophob
A Ala201 Fad601 O - O4* 3 H-Bonds
A Asp221 Fad601 OD2 - N7 3,07 H-Bonds
A Ser44 Fad601 OG - C3* 3,2 Hydrophob
A Gly16 Fad601 CA - O5* 3,24 Hydrophob
A Thr46 Fad601 OG1 - O2 2,64 H-Bonds
A His45 Fad601 CD2 - CBM 3,34 Hydrophob
Oaa307 Fad601 O3 - C4A 2,9 Hydrophob
A Ser404 Fad601 N - O2 2,69 H-Bonds
A Leu405 Fad601 N - O2 2,6 H-Bonds
A Ser404 Fad601 OG - C3* 3,4 Hydrophob
A Tyr355 Fad601 CE1 -O3* 3,06 Hydrophob
A Gly17 Fad601 N - O1P 2,64 H-Bonds
A Gly16 Fad601 CA -O1P 3,06 H-Bonds


Назад
Первый семестр
Главная страница