BLAST - инструмент для быстрого поиска последовательностей в банках данных по гомологии
Поиск белка SdhA по фрагменту его аминокислотной последовательности.
Поиск производился по банку данных SWISS-Prot. Были взяты две последовательности: одна длиной в 30 аминокислотных остатков произвольно из SdhA, друга длиной в 10.
Последовательность длиной в 30 Последовательность длиной в 10
  1. Порядковый номер хита: 2

  2. Процент совпадающих остатков в выравнивании: 100

  3. Вес выравнивания (Score): 76,6

  4. E-value: 1e-14
    5.
  1. Порядковый номер хита: 1

  2. Процент совпадающих остатков в выравнивании: 100

  3. Вес выравнивания (Score): 25,4

  4. E-value: 29
    5.
При сравнении полученных значений бросается в глаза разность между значениями e-value. Что объяснимо, потому что e-value показывает возможность случайного повторения последовательности в такой большой базе данных, как Swiss-prot, и конечно вероятность повторения последовательности длиной в 10 символов гораздо выше, чем длиной в 30 символов.
Различие весов выравнивания тоже понятны, так как последовательности различаются длиной, а процент совпадающих остатков в выравнивании: 100
Является ли BLAST инструментом для поиска ортологов?
Ортологи - последовательности, возникшие из одного общего предка в результате процесса видообразования. Ортологи, как правило, имеют одну общую функцию

                                                                                       Score   E               
    Sequences producing significant alignments:                           (bits) Value

   gi|2851638|sp|P36944|RBSR_BACSU  Ribose operon repressor               629   e-180 

   gi|20139764|sp|Q9K6K2|RBSR_BACHD  Ribose operon repressor             268   2e-71 

   gi|20139702|sp|Q9CF41|RBSR_LACLA  Ribose operon repressor              256   6e-68 

   gi|3024530|sp|Q45831|REGA_CLOSA  HTH-type transcriptional regulat.     167   3e-41 

   gi|1173387|sp|P43472|SCRR_PEDPE  Sucrose operon repressor (Scr op..    164   2e-40 

   gi|115950|sp|P25144|CCPA_BACSU  Catabolite control protein A (Glu...   161   2e-39 

   gi|37999777|sp|Q9CPA2|RBSR_PASMU  Ribose operon repressor               159   8e-39 

   gi|18202290|sp|P58258|REGA_CLOAB  HTH-type transcriptional regula...    152   9e-37 

   gi|26007033|sp|Q54430|SCRR_STRMU  Sucrose operon repressor (Scr o...    151   2e-36 

   gi|585043|sp|P37947|DEGA_BACSU  HTH-type transcriptional regulato...    150   4e-36 

   gi|118189|sp|P06964|CYTR_ECOLI  HTH-type transcriptional represso...    149   8e-36 

   gi|1168844|sp|P46828|CCPA_BACME  Glucose-resistance amylase regul...    147   3e-35 

   gi|3023459|sp|Q56194|CCPA_STAXY  Probable catabolite control prot...    147   4e-35 

   gi|1172870|sp|P44329|RBSR_HAEIN  Ribose operon repressor                145   2e-34 

   gi|400962|sp|P25551|RBSR_ECOLI  Ribose operon repressor                 144   3e-34 

   gi|38604814|sp|Q8CNV8|CCPA_STAEP  Probable catabolite control pro...    143   4e-34 

   gi|7388031|sp|O68446|PURR_SALTY  HTH-type transcriptional repress...    140   5e-33 

   gi|131650|sp|P15039|PURR_ECOLI  HTH-type transcriptional represso...    139   9e-33 

   gi|37999776|sp|Q9CN88|PURR_PASMU  HTH-type transcriptional repres...    139   1e-32 

   gi|38604906|sp|Q8NW33|CCPA_STAAW  Probable catabolite control pro...    137   5e-32 

   gi|1710834|sp|Q04939|SACR_LACLA  Sucrose operon repressor (Scr op...    136   6e-32

BLAST не является инструментом для поиска ортологов. Так как если мы будем считать ортологами тех, где стоит слово RBSR и мысленно эту колонку закроем, то понять что-либо не получится
Назад
Главная страница