Изображение области связывания цепи A белка PHOB_ECOLI с ДНК

Условные обозначения: В красный цвет окрашены аминокислотные остатки цепи A,взаимодействующие с определенными атомами цепей C и D ДНК, в желтый и зеленый цвет– аминокислотные остатки,при замене которых соответственно изменится или не изменится взаимодействие цепи A белка с ДНК, в оранжевый цвет– аминокислотные остатки цепи A,с помощью которых осуществляются гидрофобные взаимодействия цепи белка A с ДНК, в красный цвет– кислородные атомы цепей C и D ДНК,связанные с соответствующими аминокислотными остатками. Область контакта была определена с помощью программы RasMol посредством измерения расстояния каждого из аминокислотных остатков цепи A до соответствующих атомов цепей C и D ДНК.

Проект генно-инженерного эксперимента-оказание влияния на взаимодействие цепи A белка с ДНК:

Замена 1: Замена TYR223 на аланин вероятно приведет к потери способности связывания белковой цепи А с ДНК за счет того, что тирозин является отрицательно заряженным, а аланин-гидрофобным аминокислотным остатком,который не способен образовывать водородную связь с цепью С. На потерю способности связывания окажет влияние и значительное увеличение расстояния аминокислотного остатка (цепь аланина намного короче тирозина) от соответствующего атома ДНК.

Замена 2: Можно предположить,что замена THR217 (аминокислотного остатка АА2) на серин не приведет к потере способности связывания цепи А с ДНК,так как оба остатка являются отрицательно заряженными и размеры их цепей почти одинаковы,что способствует минимальному изменению расстояния между взаимодействующими атомами.