Матрицы весов аминокислотных замен

Множественное выравнивание блока из базы данных BLOCKS, отвечающего белку PHOB_ECOLI

• Идентификатор блока — IPB001867B
• Количество последовательностей — 1710
• Ширина блока — 45

Блок IPB001867

• розовый — более 80% идентичности
• фиолетовый — более 60% идентичности
• зеленый — более 40% идентичности
• желтый — ниже 40% идентичности

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественного выравнивания блока IPB001867B из базы данных BLOCKS

• n_αβ — количество пар αβ
• p_αβ — частота встречаемости пары аминокислот αβ
• q_α   — частота встречаемости аминокислоты α
• q_β   — частота встречаемости аминокислоты β
• s_αβ — вес замены аминокислоты α на аминокислоту β

Вычисление весов аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков из базы данных BLOCKS

• n_αβ — количество пар αβ
• p_αβ — частота встречаемости пары аминокислот αβ
• q_α   — частота встречаемости аминокислоты α
• q_β   — частота встречаемости аминокислоты β
• s_αβ — вес замены аминокислоты α на аминокислоту β

Сравнение весов аминокислотных замен

• Замена пролина на пролин имеет вес значительно выше, чем его замена на глицин или фенилаланин,что и следовало ожидать от замены соответствующей аминокислоты на идентичную.
• Вес замены пролина на глицин выше в сравнении с весом замены пролина на фенилаланин, так как пролин и глицин являются родственными аминокислотами.
• Значение замены пролина на глицин независимо от их родственности отрицательно вероятно из-за различия в их свойствах (полярность пролина и неполярность глицина).
• Веса аминокислотных замен на основе множественных выравниваний 200 блоков более сходны с сответствующими весами в матрице BLOSUM62 , что вероятно объясняется большим количеством блоков и специфичностью структурных свойств белковых последовательностей, которые входят в состав блока IPB001867B.