Функции генов и их продуктов. Онтологии.

Термины GO, описывающие функцию белка PHOB_ECOLI

Термин	transcription regulation (регуляция транскрипции)
Идентификатор GO	GO:0006358
Количество синонимов	2
Определение термина	Любой процесс, модулирующий частоту, уровень или длительность глобальной транскрипции, которая инициируется Pol II промотером
Количество родителей	is_a: 2 part_of: 1
Количество дочерних терминов	is_a: 1 part_of: 0

Количество родителей и количество дочерних терминов в таблице указано для термина regulation of cellular physiological process - родитель термина transcription regulation (см. граф ). Связь is_a означает, что дочерний термин является частным случаем родительского, тогда как связь part_of означает, что дочерний термин является частью родительского, но при этом родительский термин не обязательно содержит дочерний термин.

Исследование качества аннотации функции у белков Mus musculus, входящих в состав аппарата Гольджи

Протеом Mus musculus
Результаты поиска в UniProt, 24.03.2006 г.

	Количество белков	Запрос
Всего	61974	(([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus*])
С идентификаторами всех 3-х онтологий GO	15993	((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref:F :]) & [uniprot-DBxref:C:]) > parent ))
В том числе локализованных в аппарате Гольджи	222	((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref:P:] & [uniprot-DBxref: F:]) & [uniprot-DBxref:C:Golgi apparatus]) > parent ))
В том числе локализованных в аппарате Гольджи только с самыми хорошими доказательствами функции (код IDA/TAS)	18	(((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot- DBxref_:F:]) & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:GO:0005794])) & (((((((((((([uniprot-DBxref_:TAS.] \| [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:IEA.]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.]) ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA.]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:NR.]))
В том числе локализованных в аппарате Гольджи только с самыми плохими доказательствами функции (код IEA)	11	(((([uniprot-Organism:Mus] & [uniprot-Organism:musculus]) \| [uniprot-Organism:Mus musculus]) & ((([uniprot-DBxref_:P:] & [uniprot-DBxref_ :F:]) & [uniprot-DBxref_:C:]) & [uniprot-DBxref_:GO:0005794])) & ((((((((((( ([uniprot-DBxref_:IEA.] ! [uniprot-DBxref_:ISS.]) ! [uniprot-DBxref_:IEP.]) ! [uniprot-DBxref_:IMP.]) ! [uniprot-DBxref_:IGI.]) ! [uniprot-DBxref_:IPI.] ) ! [uniprot-DBxref_:IDA.]) ! [uniprot-DBxref_:TAS.]) ! [uniprot-DBxref_:RCA. ]) ! [uniprot-DBxref_:IC.]) ! [uniprot-DBxref_:ND.]) ! [uniprot-DBxref_:NR.* ]) ! [uniprot-DBxref_:NAS.*]))

В соответствии с общепринятой иерархией кодов доказательств самые хорошие доказательства определялись по наличию кодов IDA или TAS, а самые плохие доказательства - по наличию кода IEA. По полученным результатам можно сделать вывод, что рассматриваемая группа белков на данный момент аннотирована недостаточно хорошо: только около 8% этих белков аннотированы очень хорошо, около 5% аннотированы очень плохо, а остальные 87% белков имееют аннотацию среднего качества (содержит остальные более сомнительные по правдоподобности доказательств коды).

Функции белка PHOB_ECOLI, описанные в базе данных EcoCyc

Локализация: Цитоплазма
Процесс: Двусторонняя транскрипционная регуляция гена PhoB

Механизм: Фосфорилирование белка PhoB:

1) Двухкомпонентная система переноса сигнала CreCB CreC-Phis + PhoB = CreC + PhoB-Pasp
2) Двухкомпонентная система переноса сигнала PhoRB PhoB + PhoR-Phis = PhoB-Pasp + PhoR

Специфичность: Транскрипционный регулятор фосфатного регулона

Транскрипционные единицы, регулируемые фосфорилированным белком PhoB