Бластуем

Карта локального сходства и выравнивание последовательностей

Рисунок 1. Карта локального сходства полипротеинов P23069 и P03308

Карта локального сходства

Таблица 1. Характеристики двух лучших локальных выравниваний

Identities, %

Positives, %

Число гэпов

Длина участка в P23069

Длина участка в P03308

Score

Score, bits

29 48 57 613 644 636 249
36 49 43 306 275 402 159

Таблица 2. Названия зрелых белков для первого выравнивания

AC

Участок

Название зрелого белка

P23069

 1564 – 2205 Protein 3CD
1564 – 1745 Protease 3C
1746 – 2205 RNA-directed RNA polymerase.

P03308

 1651 – 1863 Picornain 3C
1864 – 2333 RNA-directed RNA polymerase 3D-POL

Таблица 3. Названия зрелых белков для второго выравнивания

AC

Участок

Название зрелого белка

P23069

 1029 – 1125 Protein 2B
1126 – 1454 Protein 2C

P03308

 1109 – 1426 Protein 2C

Таблица 4. Характеристики локального выравнивания со случайным гомологичных и негомологичных белков

ID №1

ID №2

Score

Медиана

Верхний квартиль (Q1)

Score(B)

p-value

FUMC_ECOLI FUMC_BACSU 1512 59 65,5 224,54 2,557*10-68
RLMG_ECOLI GLVA_BACSU 44,5 46,75 52,75 0,625 0.648

Таблица 5. Характеристики двух лучших находок и соответствующих выравниваний

ID

AC

Организм

Identities, %

Positives, %

Число гэпов

Длина участка в белке AMW33787.1

Длина участка в гомологичном белке

Score

Score (B)

Expect

Coverage, %

NADA_THENN B9K7I7.1 Thermotoga neapolitana 59 74 4 296 294 901 351 9*10-121 93
NADA_THESQ B1LB31.1 Thermotoga sp. 58 74 2 296 294 889 347 6*10-119 93

Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.

© Daniel Igumnov, 2018