Blast

Работа в Blast

Таблица 1. Характеристики списка находок и изменение длины слова

Длина слова	Число результатов	E-value < 0,001	Max E-value	Лимитировано:
6	100	100	8*10^-53	максимальным числом находок
6	197	197	9*10^-18	порогом E-value
2	215	199	8,3	порогом E-value

Поиск производился для хинолинат синтазы Fervidobacterium islandicum. Первоначальный поиск был лимитирован максимальным количеством значений, поэтому оно было увеличено до 250. Этого хватило и для поиска с длиной слова, равной двум, потому что далее поиск был лимитирован порогом E-value: следующее после порога значение – 23. После изменения параметра "wordsize" на 2 также увеличилось максимальное значение E-value и общее число находок, но уменьшился процент находок с E-value < 0,001.

Таблица 2. Изменение объёма поиска

ID	AC	Организм	Поиск по таксону	E-value до изменений параметра	E-value после применений параметра
NADA_PYRFU	Q8TZL3.1	Pyrococcus furiosus	Euryarchaeota	6*10^-95	10^-96

В результате ограничения поиска по таксону Euryarchaeota E-Value уменьшился в 60 раз, что подтверждает линейную зависимость E-value от размера банка. Таким образом, можно сделать вывод, что банк записей Euryarchaeota занимает 1/60 всего банка SwissProt.
Также стоит заметить, что ни обычный score, ни score в битах не изменились, что свидетельсвует об отсутствии зависимости score выравнивания от размера банка.