Первое выравнивание

Парное выравнивание белков

Таблица 1. Характеристики глобального парного выравнивания трёх пар белков

Protein name

ID 1

ID 2

Score

Identity, %

Similarity, %

Gaps

Indels

Сytosol aminopeptidase AMPA_ECOLI AMPA_BACSU 720,5 34,2 52,8 31 11
L-arabinose isomerase ARAA_ECOLI ARAA_BACSU 1432,5 52,6 71,4 4 3
Fumarate hydratase class II FUMC_ECOLI FUMC_BACSU 1505,0 63,0 76,9 5 4

Таблица 2. Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name

ID 1

ID 2

Score

Identity, %

Similarity, %

Gaps

Indels

Coverage 1, %

Coverage 2, %
Сytosol aminopeptidase AMPA_ECOLI AMPA_BACSU 723,5 35,0 54,0 17 8 95,6 96,8
L-arabinose isomerase ARAA_ECOLI ARAA_BACSU 1434,5 52,9 71,9 4 3 99,0 99,9
Fumarate hydratase class II FUMC_ECOLI FUMC_BACSU 1512,0 64,0 78,3 1 1 97,6 98,5

Таблица 3. Глобальное парное выравнивание неродственных белков

Protein name

ID 1

ID 2

Score

Identity, %

Similarity, %

Gaps

Indels

Ribosomal RNA large subunit methyltransferase G RLMG_ECOLI GLVA_BACSU 39,0 7,4 12,6 495 14

Таблица 4. Локальное парное выравнивание неродственных белков

Protein name

ID 1

ID 2

Score

Identity, %

Similarity, %

Gaps

Indels

Coverage 1, %

Coverage 2, %
Ribosomal RNA large subunit methyltransferase G RLMG_ECOLI GLVA_BACSU 44,5 22,9 39,0 47 9 47,4 41,0

Как видно из данных таблицы 3, аминокислотный состав белков с идентефикаторами RLMG_ECOLI и GLVA_BACSU сильно разнится. Выравнивание не похоже на аналогичное у гомологичных белков. Об этом свидетельсвуют как малые проценты идентичности и сходства, так и суммарное число гэпов.
Также обнаружено разночтение: полное рекомендуемое имя, соответствующее GLVA_BACSU, – maltose-6'-phosphate glucosidase.

Что интересно, локальное выравнивание больше похоже на аналогичное у гомологичных белков. Вероятно, это связано с меньшей длиной рассматриваемого участка.

Работа в JalView

Глобальное выравнивание белков ARAA_ECOLI и ARAA_BACSU в виде проекта Jalview

Множественное глобальное выравнивание семи белков с одинаковой мнемоникой

Общее количество белков с выбранной мнемоникой ARAA равно 112.
Для множественного вравнивания были выбраны белки, идентификаторы которых оканчиваются на TOLAT, SALHS, LACPL, ESCF3, ENT38. Также в выравнивании участвовали и ECOLI и BACSU.
Консервативных участков достаточно много. Большая часть из них сосредоточне посередине выравнивания. Наибольшая длина – 9 аминокислотных остатков.
Сильнее всего от других последовательностей отличается пос-ность _LACPL: мешает образованию более длинных консервативных участков, а также обуславливает длинный индель в конце выравнивания (23 гэпа).
Также _BACSU и _TOLAT не совсем хорошо выровнялись. Причем _TOLAT – чуть хуже. Однозначо говорить о гомологичности белков нельзя, но исходя из результатов выравнивания, наиболее вероятно гомологичны белки ECOLI, SALHS, ESCF3, ENT38. С меньшей вероятностью в эту группу можно добавить BACSU и TOLAT. Самым маловероятным в роли гомологичного остальным является LACPL.

Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.

© Daniel Igumnov, 2018