Первая работа с Uniprot

Знакомство с Uniprot

Информация о белке по результатам поиска в базе данных Uniprot

Таблица 1. Краткая информация о белке

UniProt ID DPES_AGRFC
UniProt AC A9CH28
RefSeq ID NP_355915.1
RefSeq ID WP_010974125.1
PDB ID in the absence of substrate 2HK0
PDB ID in the presence of D-fructose 2HK1
RecName
 Full D-psicose 3-epimerase
Short DPEase
EC 5.1.3.30
Длина в а.-кислотных остатках (AA) 289
Молекулярная масса в дальтонах (MW) 31566

Таблица 2. Описание кластеров UniRef

Cluster name

Cluster ID

Quantity of members

Cluster: D-psicose 3-epimerase (50%) UniRef50_A9CH28 45
Cluster: D-psicose 3-epimerase (90%) UniRef90_A9CH28 39
Cluster: D-psicose 3-epimerase (100%) UniRef100_A9CH28 3

Таблица 3. Результаты сеансов поиска в UniProt

Request

Proteins quantity

Reviewed proteins
name:"D-psicose 3-epimerase" 22 3
name:dpease 3 3
name:"d psicose 3 epimerase" organism:"agrobacterium fabrum strain c58" 1 1
name:"dpease" organism:"agrobacterium fabrum strain c58" 1 1
name:"d psicose 3 epimerase" taxonomy:rhizobiaceae 7 1
name:dpease taxonomy:rhizobiaceae 1 1
name:"d psicose 3 epimerase" taxonomy:proteobacteria 8 1
name:dpease taxonomy:proteobacteria 1 1
name:hemoglobin 15227 948
name:hemoglobin taxonomy:viridiplantae 244 25
name:hemoglobin taxonomy:fungi 44 5
name:trypsin 18951 311
name:trypsin name:inhibitor 3914 210

Из результатов поиск видна, что запросы по короткому названию показывают меньшее количество белков. Так, поиск по полному названию белка дал более чем в 7 раз больший результат, чем по сокращенному, а результат поиск по полному имени белка и отделу превзошел соответствующий поиск по сокращенному названию в 8 раз.

Полезные ссылки:

Главная страница;

Профайл;

Учебные реалии, или список семестров;

Официальный сайт ФББ МГУ.

© Daniel Igumnov, 2018