BLAST

Поиск гомологов ЦТФ-синтазы

Параметры BLAST

• Database: UniProtKB/Swiss-Prot
• Algorithm: blastp
• Max target sequences: 100
• Expect threshold: 0,05
• Word size: 5
• Max matches in a query range: 0
• Matrix: BLOSUM62
• Gap costs: exictence: 11; extension: 1

Текстовая выдача программы

Выравнивание в Jalview

Оставленные в выравнивании белки гомологичны, так как они имеют высокую степень идентичности по всей длине.

Пенистый вирус кошек (Feline Foamy Virus)

• ID: POL_FFV
• AC: O93209
• OS: Feline foamy virus (FFV) (Feline syncytial virus)
• CHAIN: Ribonuclease H; 593..748

Последовательность Ribonuclease H Выравнивание Ribonuclease H

Исследование E-value от объема банка

Выдача BLAST без применения фильтра по организмам

Выдача BLAST с применением фильтра

В первом случае выдача составила 71 последовательность, а во втором 5. Если рассматривать две находки для Human spumaretrovirus, то в первой выдаче E-value состовляет 1e-46, в во второй 4e-48. Значение E-value изменилось, так как изменился объем банка, причем изменениям подвергся только этот параметр, поэтому поделив второе значение на первое мы найдем долю вирусных белков во всем банке (0,04)