Гомология и выравнивание. Домены
Семейство доменов Kringle
Kringle - это семейство доменов, которые представляют собой бета-складки, стабилизированные дисульфидными связями. Этот домен важен в белок-белковых взаимодействиях с факторами коагуляции в крови. Kringle был найден в плазминогене, факторе роста гепатоцитов, протромбине и аполипопротеине А.
Информация о домене в Pfam
| AC Pfam | PF00051 |
| ID Pfam | Kringle |
| seed | 7 |
| all | 29186 |
| SW | 95 |
| Architectures | 1000 |
| 3D | 134 |
| Taxonomy | |
| Eukaryota | 20501 |
| Archaea | - |
| Bacteria | - |
Выравнивание белковых доменов
Результаты выравниваня представлены в таблице
| Выравнивание seed | 23 последовательностей; 85 колонки |
| МДБ-all | 1-11 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 1:C; 6:G; 9:Y; 11:G |
| МДБ-notAll | 36-57; 1-5 |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 36:[YH]; 43:A; 46:L; 47:G; 48:L; 49:G; 51:H; 53:Y; 54:C; 55:R; 56:N; 57:P |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | 26-53 |
Карта локального сходства
Данные о выбранных архитектурах
| Доменная архитектура 1 | PF00594 - PF00051 - PF00051 - PF09396 - PF00089 |
| Белок с архитектурой 1 | P00734 |
| Доменная архитектура 2 | PF00008 - PF00008 - PF00051 - PF00089 |
| Белок с архитектурой 2 | Q14520 |
На карте dot plot видно две параллельные диагонали в начале, это говорит о том, что в одом из белков (P00734) домен Kringle дублируется в начале, а во втором белке (Q14520) этот домен представлен в одном экземпляре. Это подтверждается иллюстрацией доменной архитектуры на Pfam, она также обьясняет относительно ровную диагональ в конце. На иллюстрации видно, что белки содержат в конце домен Trypsin.