Краткий обзор белка 3LEZ с использованием PDB

Общие сведения о структуре

Белок 3LEZ (рис.1) является β-лактамазой, состоящей из одной полимерной цепи. В одну биологическую единицу входит 1 цепь.
Рис. 1 3D-модель белка 3LEZ

Сведения о полимерной цепи

Данна макромолекула относится к галотолерантной бактерии Oceanobacillus iheyensis. В базе данных Uniprot этот белок имеет id Q8EMP8, функцией полимера является катализ реакции гидролиза β-лактама до β-аминокислот. Белок 3LEZ не имеет мутаций или модификаций аминокислотных остатков относительно референса из Uniprot.

Сведения о малых молекулах

В качестве лигандов 3LEZ на PDB записаны:
  1. EPE (рис. 2), 4-(2-Гидроксиэтил)-пиперазин-1-этансульфоновая кислота
  2. CA, Ион кальция
  3. CL, Ион хлора
EPE и CL не фыполняют физиологических функций, а являются компонентами буффера в котором происходила кристаллизация. Ионы кальция связываются с сильно отрицательной поверхностью белка, стабилизируя его третичную структуру [1].
Рис. 2 Формула EPE

Информация о лигандах

Строки из pdb файла с информацией о микромолекулах

Статья с описанием получения белка

[1] Toth M, Smith C, Frase H, Mobashery S, Vakulenko S. An antibiotic-resistance enzyme from a deep-sea bacterium. J Am Chem Soc. 2010 Jan 20;132(2):816-23. doi: 10.1021/ja908850p. PMID: 20000704; PMCID: PMC2826318.