Выравнивание. Jalview

Глобальное парное выравнивание

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Flagellar protein FliT	FLIT_ECOLI	FLIT_BACSU	53,5	21,5%	38,5%	36	8
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NAGA_ECOLI	NAGA_BACSU	404,5	29,9%	46,5%	28	10
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	41,5	13,2%	29,8%	48	5

Локальное парное выравнивание

Protein Name	ID 1	ID 2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels	Coverage 1	Coverage 2
Flagellar protein FliT	FLIT_ECOLI	FLIT_BACSU	56,0	21,4%	45,5%	15	5	89,3%	89,4%
N-acetylglucosamine-6-phosphate deacetylase	NAGA_ECOLI	NAGA_BACSU	416,5	31,6%	48,9%	17	8	98,7%	97,2%
Cell division protein ZapA	ZAPA_ECOLI	ZAPA_BACSU	50,0	16,5%	48,1%	9	3	77,1%	96,5%

Результаты выравниваний

По результатам обоих выравниваний видно, что белки с мнемоникой NAGA являются гомологичными, так как они имеют высокий процент схожести и их выравнивание имеет большой вес в обоих случаях. Белки с мнемоникой FLIT скорее всего не являются гомологичными, но локальное выравние позволяет предположить что эти белки имеют гомологичные участки. Это же можно сказать и про белки ZAPA.

Выравнивание неродственных белков

	ID 1	ID2	Score	% Identity	% Similarity	Gaps	Indels
Глобальное выравнивание	WZXE_ECOLI	PTB_BACSU	21,5	9,9%	17,9%	315	15
Локальное выравнивание	WZXE_ECOLI	PTB_BACSU	41,5	23,8%	37,8%	44	9

В качестве неродственных белков были выбраны WZXE_ECOLI (Lipid III flippase) и PTB_BACSU (Probable phosphate butyryltransferase). Из результатов выравниваний видно, что эти белки, действительно, являются негомологичными.

Множественное выравнивание

Для выравнивания была выбрана мнемоника ZAPA, рекомендованное имя белка: Cell division protein ZapA. Всего было найдено 95 белков, и помимо ZAPA_ECOLI и ZAPA_BACSU для выравнивания были выбраны _OCEIH, _ACTP2, _SHIDS, _SALTY, _ECO57. Был составлен список из ID этих белков в Swiss-Prot, после чего формировался файл с последовательностями белков в формате FASTA с помощью команды seqret. Эти последовательности выравнивались программой muscle при стандартных параметрах, после чего готовый fasta-файл с выравнивание загружался в Jalview для анализа.

При окраске выравнивания по проценту идентичности видно, что белки _ECOLI и _ECO57 идентичны, что не удивительно, так как это разные штаммы E. coli. Белки _SALTY и _SHIDS очень близки по последовательности к первым двум и отличаются от них всего несколькими аминокислотными заменами. Это позволяет утверждать, что эти четыре белка гомологичны. Белки _BACSU, _OCEIH, _ACTP2 имеют малый процент идентичности и негомологичны ни друг другу, ни остальным белкам.

Ссылка на проект Jalview с выравниванием