Предсказание вторичной структуры заданной тРНК и анализ НК-белкового комплекса

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

prediction
Рис. 1 Выдача программы einverted (предсказание вторичной структуры тРНК путем поиска инвертированных повторов)
prediction
Рис. 2 Вторичная структура тРНК, предсказанная с помощью алгоритма Зукера

Сравнение реальной и предсказанных вторичных структур тРНК из файла 1n77.pdb представлены в следующей таблице

Здесь будет табличка

Поиск ДНК-белковых контактов в заданной структуре

Контакты белков с Полярные Неполярные Всего
остатками 2'-дезоксирибозы 4 10 14
остатками фосфорной кислоты 13 6 19
oстатками азотистых оснований со стороны большой бороздки 5 12 17
остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки 0 1 1
Табл. 1 Количество контактов белка с ДНК

С помощью программы nucplot была получены схема ДНК-белковых контактов

scheme
Рис. 3 Схема ДНК-белковых контактов

Видно, что наибольшее число контактов с ДНК образует 147 остаток аспарагина (Рис. 4). Я считаю, что это может говорить о его важности для распознавания последовательности ДНК.

scheme
Рис. 4 Контакты 147 остатка аспарагина