Blast

**Рисунок 1.** Карта локального сходства

Таблица 1. Характеристики 2 лучших выравниваний

	Best	Second best
Protein name	RNA-directed RNA polymerase*	Protein 2C
% identity	29	48
% positives	49	61
Length	644\|615	180\|177
Gaps	59	5
Score	258 bits (660)	158 bits (400)
*3D-POL у вируса ящура

Вес в битах

Значения веса в битах рассчитывалось по приближенной формуле:

\begin{equation} S_b = 1 + \frac{S-M}{Q_1-M} \end{equation}

Предположительно гомологичные белки (MOAE_BACSU/MOAE_ECOLI)

**Рисунок 2.** Распределения весов случайных выравниваний. 100 перемешиваний слева, 1000 — справа

Таблица 2. Характеристики распределения весов случайных выравниваний и вес оптимального биологического выравнивания

	shuffle 100	shuffle 1000
Median	37.50	37.00
Quartile (75%)	42.00	42.50
Score (MOAE_BACSU/MOAE_ECOLI)	201.00
Bit score approx.	37.33	30.82
P-value	$5.78 \times 10^{-12}$	$5.27 \times 10^{-10}$

Примечательно, что от увеличения количества выравниваний в выборке вес изменился довольно значительно.

Предположительно негомологичные белки

**Рисунок 3.** Распределения весов случайных выравниваний. 100 перемешиваний слева, 1000 — справа

Таблица 3. Характеристики распределения весов случайных выравниваний и вес оптимального биологического выравнивания

	shuffle 100	shuffle 1000
Median	30.25	30.50
Quartile (75%)	33.63	34.50
Score (HIUH_BACSU/PTH_ECOLI)	27.50
Bit score approx.	0.19	0.25
P-value	0.88	0.84

Влияние матрицы и штрафа за продолжение гэпа

Для этого эксперемента были взяты белки с идентификаторами MOAE_BACSU и MOAE_ECOLI, которые рассматривались в прошлом практикуме.

С повышением штрафа за продолжение с 0,5 до 4 значительно сузилось распределение весов случайных выравниваний ($\sigma = 7.6 \rightarrow \sigma = 4.8$), медиана уменьшилась. Форма распределения при этом принципиально не изменяется ("тяжелый" правый хвост).

При замене матрицы медиана уменьшается тоже.

Из-за сужения распределения повышается вес оптимального выравнивания, так как уменьшается доля выравниваний, удаленных от медианы.

Таблица 4. Характеристики распределения весов случайных выравниваний

Parameters		Bit score of the optimal alignment
gapextend	matrix	Bit score of the optimal alignment
0.5	BLOSSUM62	30.8
4	BLOSSUM62	58.0
8	BLOSSUM62	44.0
0.5	BLOSSUM90	31.8
4	BLOSSUM90	53.7
8	BLOSSUM90	53.7

**Рисунок 4.** Распределения весов случайных выравниваний с различными параметрами

BLAST

Идентификатор белка: ANF53595.1; Brevundimonas naejangsanensis

Таблица 5. Характеристики 2 лучших выравниваний

	Best	Second best
Protein name	UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase
Entry name (ID)	LPXC_PHEZH	LPXC_MAGSA
UniProt AC	B4RFF2	Q2W0G6
Organism	Phenylobacterium zucineum HLK1	Magnetospirillum magneticum AMB-1
% identity	65	49
% positives	77	67
Length	291\|291	290\|292
Gaps	0	2
Score	371 bits (952)	285 bits (729)
Expect	7e-129	7e-95
% coverage	97	96