Blast

Таблица 1. Характеристики выдачи blast для ANF53595.1

Характеристика	Значение
Кол-во находок	233
Кол-во находок E≤0.001	229
Максимальное E-value	9.7
Тип лимита выдачи	E-value

Таблица 2. Характеристики выдачи blast для ANF53595.1, длинна слова 2

Характеристика	Значение
Кол-во находок	243
Кол-во находок E≤0.001	229
Максимальное E-value	9.7
Тип лимита выдачи	E-value

Отличия этого результата только в количестве находок. Причем, добавились находки с E-value>0.001.

Задание 3

Для следующего задания выбран белок UDP-3-O-acyl-GlcNAc deacetylase (AC: Q12SC1, E-value=7e-90), class Gammaproteobacteria

Найдено 127 белков. E-value выбранного: 1e-90, обусловлен в 7 раз меньшим объемом базы поиска. Bit-score и score не изменились.

Задание 4

Таблица 3. Сравнение web-интерфейсов BLAST

Характеристика	Европейский биоинформатический институт	UniProt	NCBI
Базы данных поиска	Широкий выбор баз Uniprot, патентов. Есть PDB и некоторые другие	Только UniProt	PDB, UniProt, базы NCBI
Форматы вводимой последовательности	Не поддерживает ввод идентификаторов баз данных. Есть загрузка файлов	UniProt ID или последовательность	RefSeq, AC
Алгоритмы BLAST	blastp и blastx	blastp	quick blastp, blastp, psi-blast, phi-blast, delta-blast
Доп. параметры	Уведомление по email		Настройка многих парметров: от длинны слова до фильтров

Задание 5

Выполнено для белка из второго задания (ANF53595.1). Поиск в UniProt, стандартные параметры.

E-value Pam250 всегда больше E-value Blossum62. Коэффициент корреляции Спирмана пары E-value Blossum и разницы составляет -0.894, то есть чем больше E, тем сильнее оно уменьшается после замены матрицы на Pam250. Данные

Таблица 4.Корреляция Спирмана

	E-value, Blossum	E-value, Pam	Difference
E-value, Blossum	1.000000	0.89391	-0.893881
E-value, Pam	0.893910	1.00000	-1.000000
Difference	-0.893881	-1.00000	1.000000