Задание 1
Задание 2
- В сторону большой бороздки обращены: C4, N4, C5, C6
- В сторону малой бороздки: N1, C2, O2.
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | правая | правая | левая |
| Шаг спирали, ангстрем | 28.0 | 34.0 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки, ангстрем | 11.0, P residue 4, chain A - P residue 5, chain B | 16.7, P residue 16 (DG), chain B - P residue 5 (DA), chain A | 11.4, , P residue 4 (8MG), chain A - P residue 10 (8MG), chain B |
| Ширина малой бороздки, ангстрем | 15.8, P residue 12, chain B - P residue 5, chain A | 8.9, P residue 10 (DG), chain A - P residue 19 (DT), chain B | 8.2, P residue 4 (8MG), chain A - P residue 12 (DG), chain B |
Задание 3
Упражнение 1
Данные торсионных углов Arg-тРНК, pdb-id 1f7u, полученные find_pair и analyze (пакет 3DNA).
Углы сходны с таковыми у А-ДНК, что также отмечено в выводе analyze, в нижеприведенной таблице.
step Xp Yp Zp XpH YpH ZpH Form 1 PU/AA -1.69 8.54 2.08 -3.56 8.25 3.08 2 UC/GA -1.54 8.46 2.17 -4.15 8.17 3.08 A 3 CC/GG -1.47 8.24 2.59 -5.75 7.55 4.13 A 4 CU/GG -1.37 8.20 2.76 -3.90 7.96 3.40 A 5 UC/GG -1.50 8.10 2.56 -6.92 6.50 5.49 A 6 CG/CG -1.85 8.45 2.23 -5.94 6.13 6.23 A 7 Gc/GC -1.62 8.04 2.92 -4.25 7.50 4.12 A 8 cC/GG -1.66 8.00 2.85 -5.99 7.30 4.34 A 9 CA/UG -1.31 8.54 2.41 -5.75 7.24 5.10 A 10 AG/CU -1.36 8.86 2.14 -5.98 8.03 4.32 A 11 GG/CC -1.63 7.75 2.98 -6.49 7.00 4.47 A 12 Gt/aC -0.64 7.07 3.20 -1.78 7.12 3.16 13 tP/Ga 4.13 4.59 -0.14 0.78 4.56 0.96 14 PC/GG --- --- --- --- --- --- --- 15 CC/GG -1.22 8.10 2.93 -5.80 8.10 2.91 A 16 CA/UG -1.98 8.48 2.49 -7.21 7.47 4.70 A 17 AG/CU -2.18 8.54 2.41 -7.87 6.96 5.48 A 18 GA/PC -2.12 8.27 2.37 -6.27 7.29 4.56 19 AA/gP -1.90 8.64 2.39 -3.61 8.10 3.90 20 Ag/Cg -3.34 6.65 4.73 -5.08 5.93 5.08 21 gC/GC -1.77 7.67 3.03 -5.48 7.36 3.71 A 22 CC/GG -1.09 7.83 2.94 -6.21 6.90 4.72 A 23 CC/CG -1.48 8.54 2.26 -3.71 8.30 3.08 24 CA/UC -1.60 5.82 2.36 -2.86 5.89 1.88 25 AA/UU 2.67 0.97 1.92 3.94 1.20 1.94 26 AG/CU --- --- --- --- --- --- ---
Упражнение 2
Предсказанный стебель из analyze, неканонические пары выделены полужирным:
Stem 1 1 [PSU]P-**--A 72 неканоническое основание 2 U-----A 71 3 C-----G 70 4 C-----G 69 5 U-*---G 68 неканоническая пара, связи O2-N1, N3-O6 6 C-----G 67 7 G-----C 66 Stem 2 49 [5MC]c-----G 65 неканоническое основание 50 C-----G 64 51 A-----U 63 52 G-----C 62 53 G-----C 61 54 [5MU]t-**--a 58 неканоническое основание 55 [PSU]P-**+-G 17 неканоническое основание Stem 3 39 C-----G 31 40 C-----G 30 41 A-----U 29 42 G-----C 28 43 A-**--P[PSU] 27 неканоническое основание 44 A-**--g[M2G] 26 неканоническое основание Stem 4 10 [2MG]g-----C 25 неканоническое основание 11 C-----G 24 12 C-----G 23 13 C-**--C 22 только связь O2-N4 14 A-**--U 8 15 A-**+-U 48 обратная Уотсон-Криковская пара, связи N6-O2 (вместо O4), N1-N3 18 G-----C 56 изолированная пара
Упражнения 3
С помощью stack2img получены изображения двух стэкинг взаимодействий (13, 26).
© Бушмакин Илья, 2017