Комплексы ДНК-белок

Предсказание вторичной структуры заданной тРНК

einverted запускался с параметрами gap penalty=0, score threshold=0, штрафами 3/-4. Единственное предсказание приведено ниже.

	
Score 72: 23/23 (100%) matches, 24 gaps
 1 tt-cctcgtggcccaatggt-c----a-c-gg---cg-tctggc-t- 34      
   || || |   | || | ||  |    | | ||   |  |||||  |
72 aaggg-g---c-gg-t-cc-tgaacttggaccttag-aagacc-aag 36

**Рисунок 1.** Структура тРНК по RNAfold, алгоритм Зукера.

Таблица 1. Структура тРНК

Участок структуры	Позиции в структуре	Результаты предсказания с помощью einverted	Результаты предсказания по алгоритму Зукера
Акцепторный стебель	5'-2 -7 -3' 3'-71-66-5' 6 пар	2 из 6	6 из 6
D-стебель	5'-10-13-3' 3'-25-22-5' 4 пары	0 из 4	4 из 4
T-стебель	5'-50-53-3' 3'-64-61-5' 4 пары	0 из 4	4 из 4
Антикодоновый стебель	5'-39-42-3' 3'-31-28-5' 4 пары	4 из 4	4 из 4
Общее число канонических пар нуклеотидов	18	6	18

Видно, что einverted не может предсказать сносно больше двух стеблей.

Поиск ДНК-белковых контактов в структуре 1rio, H цепь

Упр. 1

Определение множеств Отображение множеств

Упр. 2. Определение контактов

Таблица 2.Описание контактов

Контакты атомов белка с	Полярные	Неполярные	Всего
2'-дезоксирибоза	0	10	10
Фосфаты	8	11	19
Остатки азотистых оснований со стороны большой борозды	5	14	19
Со стороны малой борозды	0	0	0

Белок входит в большую борозду ДНК, и не связывает малую.

Упр. 3-4. Nucplot

**Рисунок 2.** Схема контактов ДНК-белок.

Glu399(H), Mse43(A), Ala57(B), Asn62(B), Thr397(H), образуют каждый по три связи. Glu399(H) - 3 через молекулу воды, Ala57(B) - один через воду, Asn62(B) - 2 через воду. В данной мне цепи лежит Glu399(H).

Jmol показал, что на самом деле у этого глутамата существует только одна связь. Nucplot считает молекулы воды с одним номером как одну молекулу, поэтому связь "прыгает".

Наиболее важным для распознавания последовательности является аминокислотный остаток, связанный непосредственно с азотистым основанием. Таковым является Arg409(H), nucplot предсказал для него одну связь, но можно предположить и вторую. Также возможно, что Arg участвует в подобии стекинг-взаимодействий, хотя он и расположен не оптимально