Описание данных
Файлы ab1: Прямое чтение, Обратное чтение.
Сравнительно читаемые участки: Прямое чтение -- 60-680 (нечитаемо40 нуклеотидов от конца). Обратное чтение -- 65-707 (нечитаемо 17 от конца). Качество обратного чтения кажется выше (более длинная читаемая последовательность и меньше шума). Шумы на участке чтения редко превышают 20% от основного сигнала, причем шум в обратном чтении ниже примерно в 1.5 раза. Интересные, но непонятные шумы в районе 20 нуклеотида в обоих хроматограммах.
Выравнивания
Файлы выравниваний: Выравнивание, Проект Jalview.
Проблемные нуклеотиды
| Окрестности | Описание |
|---|---|
|
Здесь видим инсерцию или делецию нулеотида. На прямом чтении нет и следа цитозина. К сожалению, трудно судить, какая последовательность была изначально. |
|
Широкий пик гуанина заслонил аденин, пик которого все равно довольно заметен. Заменен на а. Также пик g, возможно артефакт. |
|
Высокий пик на хроматограмме обратного чтения, возможно, соответствует пику между двумя T, решил добавить G. Также удостоверился в том, что именно тимин находится в этом месте. |
Плохая хроматограмма
Размытые пики -- пятна красителя. Также видны гребни пиков T, похожие на проскальзывание. Наложение многих пиков свидетельствует, вероятно, о многих днк, которые попали в секвенатор. Возможно, это следствие неспецифичного праймера или его неправильного отжига в ходе ПЦР.