EMBOSS

1. Несколько файлов в формате fasta собрать в единый файл.

seqret 'fasta::?.fasta' -outseq ab.fasta
			  

Один файл в формате fasta с несколькими последовательностями разделить на отдельные fasta файлы.

seqretsplit ab.fasta -auto			
			  

Транслировать (с первого кодона, то есть в первой рамке) кодирующие последовательности, лежащие в одном fasta файле, в аминокислотные, используя указанную таблицу генетического кода, и положить результат в один fasta файл.

transeq target.fasta -table 5 -out target_pep.fasta			
			  

Вывести открытые рамки длиной не менее заданной (50), имеющиеся в данной нуклеотидной последовательности.

getorf ebolavirus.fasta -minsize 50 -outseq ebola_orf.fasta			
			  

Перевести выравнивание из формата fasta в формат msf.

seqret muscle.fasta msf::muscle.msf			
			  

Выдать в файл число совпадающих букв между второй последовательностью выравнивания и всеми остальными (на выходе только имена последовательностей и числа).

infoalign muscle.fasta -refseq 2 -only -name -idcount idcount.txt
			  

(featcopy) Перевести аннотации особенностей из файла формата gb или embl в табличный формат gff.

featcopy ebolavirus.gb gff::feat.gff			
			  

extractfeat) Из данного файла с хромосомой в формате gb или embl получить fasta файл с кодирующими последовательностями.

extractfeat ebolavirus.gb -type CDS feat.fasta
			  

Перемешать буквы в данной нуклеотидной последовательности.

shuffleseq target.fasta shuffled_target.fasta
			  

Создать три случайных нуклеотидных последовательностей длины 100.

makenucseq -amount 3 -length 100 random.fasta -auto			
			  

Найти частоты кодонов в данных кодирующих последовательностях.

cusp feat.fasta cusp.txt
			  

tranalign) Выровнять кодирующие последовательности соответственно выравниванию белков — их продуктов.

???
			  

Удалить символы гэпов из выравнивания (превратив его тем самым снова в набор невыровненных последовательностей).

degapseq muscle.fasta degap.fasta
			  

Перевести символы конца строки из формата Windows в формат Unix.

noreturn doslike.fasta unixlike.fasta
			  

seqret fastq::DRR048282.fastq fasta::sra.fasta