| Название | Мнемоника |
|---|---|
| Pseudomonas aeruginosa | PSEAE |
| Pseudomonas mendocina | PSEMY |
| Neisseria meningitidis | NEIMA |
| Aromatoleum aromaticum | AROAE |
| Thiobacillus denitrificans | THIDA |
| Bordetella pertussis | BORPE |
| Burkholderia cenocepacia | BURCA |
| Polynucleobacter asymbioticus | POLAQ |
Поиск генов проводился с помощью blastp по предоставленным протеомам (Eval<0.001). Найдено всего 21 белок. Реконструкция дерева проводилось MegaX, методом Neighbour-joining, бутстрепом проверены ветви. Большинство имело значения поддержки больше 0,8.
MegaX предоставляет возможность выявления дупликаций генов, хотя для этого требуется укоренение и дерево видов. Дерево было взято из первого задания. Оно было условно выбрано так, чтобы все clpx оказывались в одной кладе. Отмечу, что не все узлы определялись несомненно правильно.
На дереве явно выделяются две группы именованых белков: ClpX и HslU, которые разделились раньше, чем жил общий предок данных видов. Это яркий пример паралогов. Вероятно, он произошел из-за дупликации генов.
Примером недавней дупликации гена может служить Q3SFW1 и Q3SI99(ClpX) у Thiobacillus denitrificans.