COG
| COG ID | COG0774 |
|---|---|
| E-value | 7.53e-139 |
| Координаты COG в белке | 8 - 298 |
| Имя, функциональная категория |
UDP-3-O-acyl-N-acetylglucosamine deacetylase, M (Cell wall/membrane/envelope biogenesis) |
| Имя, функциональная категория (перевод) |
деацетилаза УДФ-3-0-ацил-N-ацетилглюкозамина, M (синтез клеточной стенки/мембраны/оболочки) |
Геномное окружение COG0774
Изображение ниже получено с помощью COGNAT, размер окружения составил 9 генов, с порогом покраски 20%.
Белки, входящие в консервативную часть окружения также связаны с синтезом клеточной стенки. Но наиболее частые гены помечены "Cell division". Обычно, геномное окружение содержит либо первые, либо вторые, в чем и заключается вариативность геномного окружения.
К сожалению, pdf упорно не желала генерироваться.
Отнесение белка деацетилаза УДФ-3-0-ацил-N-ацетилглюкозамина из Shewanella oneidensis к терминам GO
Этот белок довольно похож на исходный (P-value=2.4e-67), хотя и принадлежит бактерии из другого класса (гамма-протеобактерий, а не альфа-протеобактерий) того же типа.
Для этого белка БД содержала два термина GO, которые приведены ниже в Табл. 2. Оба термина присвоены на основании сходства структур (ISS). Описание этого кода достоверности приведено в Табл. 3.
| Аспект | Идентификатор GO | Термин | Перевод термина | Код типа достоверности |
|---|---|---|---|---|
| Биологический процесс | GO:0009245 | lipid A biosynthetic process | процесс биосинтеза липида А | ISS |
| Молекулярная функция | GO:0008759 | UDP-3-O-[3-hydroxymyristoyl] N-acetylglucosamine deacetylase activity | Активность деацетилазы УДФ-3-0-[3-гидроксимиристоил] N-ацетилглюкозамина | ISS |
| Код | Расшифровка | Пояснение | ISS | Inferred from Sequence or structural Similarity | Код присваивается в случае сходства структурной схожести с другой последовательностью, имеющей GO. Схожесть может определятся разными инструментами. Зачастую, этот код подразумевает и сходные структуры, и сходство по другим критериям, например BLAST и HMM. |
|---|