OPM
| Толщина гидрофобной части | 3.2 нм |
|---|---|
| Координаты ТМ-спиралей | 10-25, 39-48, 53-74, 83-103, 110-135, 154-179 |
| Средняя длинна спирали (в остатках) | 20.167 |
| Мембрана |
Внутренняя мембрана грамм-отрицательной бактерии |
|
|
| Толщина гидрофобной части | 2.5 нм |
|---|---|
| Координаты ТМ-бета-листов | 29-37, 54-62, 69-75, 98-106, 113-119, 141-150, 157-162, 173-180 |
| Средняя длинна листа в остаткаъ | 8.125 |
| Мембрана |
Внешняя мембрана грамм-отрицательной бактерии |
|
|
Предсказание ТМ участков
Текстовая выдача алгоритмов. Сравнение с экспериментальными данными
Phobius TMHMM OPM data
FT TOPO_DOM 1 11 NON CYTOPLASMIC. outside 1 9
FT TRANSMEM 12 30 TMhelix 10 29 10 25
FT TOPO_DOM 31 41 CYTOPLASMIC. inside 30 41
FT TRANSMEM 42 71 TMhelix 42 64 39 48 or 53 74
FT TOPO_DOM 72 82 NON CYTOPLASMIC. outside 65 83
FT TRANSMEM 83 102 TMhelix 84 103 83 103
FT TOPO_DOM 103 113 CYTOPLASMIC. inside 104 115
FT TRANSMEM 114 138 TMhelix 116 138 110 135
FT TOPO_DOM 139 157 NON CYTOPLASMIC. outside 139 160
FT TRANSMEM 158 183 TMhelix 161 183 154 179
FT TOPO_DOM 184 207 CYTOPLASMIC. inside 184 207
Оба алгоритма не смогли найти одну спираль, слив (39-48) и (53-74) в одну. Эти спирали не пронизывали всю мебрану, между ними содержался неструктурированный участок. В остальных случаях домены предсказаны довольно точно, особенно учитывая то, что белок содержит большие "вылеты" гидрофобных спиралей для контакта с лигандами.
TCDB
Белка 6ffv в базе не нашлось
3qra имеет код 1.B.6.2.2, что расшифровывается как:
- 1 - Канал
- B - бета-бочковидный порин
- 6 - семейство OmpA-OmpF (OOP). Белки семейства участвуют в конъюгации и, возможно, в приспособлении паразитарных бактерий в внутриклеточной среде хозяина-макрофага
- 2 - подсемейство данного канала
- 2 - обозначает конкретный белок с его субстратом. 3qra участвует в слиянии с фагом T7