import __main__

__main__.pymol_argv = ["pymol", "-x"]
import pymol

pymol.finish_launching()
import numpy as np
from pymol import cmd, stored

Загрузка модели и покраска

cmd.do(
    """
fetch 1cll, async=0
as lines, n. C+O+N+CA
zoom i. 4+5
mset 1 x1000
mview store"""
)
cmd.png("first.png", ray=3)

stored.r = []
cmd.iterate("1cll and n. CA", "stored.r.append(resi)")

152

length = len(stored.r)
colors = np.linspace(1, 0.5, length)
for k, i in enumerate(stored.r):
    cmd.set_color(f"col{k}", [colors[k], 0.5, 0.75])
    print([1, 1, colors[k]])
    cmd.set("cartoon_color", f"col{k}", f"resi {i}")
cmd.show_as("cartoon", "all")

# добавил для обзора покраски градиентом всей структуры
cmd.do("orient 1cll")
cmd.png("overview.png", ray=3)

cmd.do("zoom i. 4+5")

Видео

for i in range(len(stored.r)):
    cmd.frame((10 * i) + 1)
    cmd.zoom(f"n. CA and i. {i}+{i+7}")
    cmd.mview("store")

cmd.mview("interpolate")

! mkdir -p ./images/multiple

# эта команда выполняется долго и асинхронно с юпитером
# не спешите или уберите ray tracing
cmd.mpng("./images/multiple/", mode=2, width=480, height=360)

! ffmpeg -i images/multiple/%04d.png video.avi

! ffmpeg -i video.avi animation.gif

Отображение анимации

from IPython.display import Image

display(Image("animation.gif", format="png"))

Интерполяция сработала кривовато, но сильно не хочу застрявать на исправлении