С помощью программы Clud были определены гидрофобные ядра при различных параметрах отбора. Distance threshold выбирался из того расчета, чтобы вся структура разбивалась на 4-5 ядер, которые бы соответствовали "отдельным доменам", найденным в SCOPe (2-228 и 229-377), и пространству между доменами, в которое обращены гидрофобные остатки. Такая картина наблюдается на Distance threshold 4.4 (Рис.1А). При увеличении до 4.5 одно из ядер (атомы показаны оранжевым) становится слишком "распластанным" и начинает выходить на поверхность белка (Рис.1В).
Рисунок 1. Примеры расположения гидрофобных ядер
Для поиска гидрофобных ядер между спиралями возьмем структуру 3E7K домена тетрамеризации TRPM7 катионных каналов. Ядра показаны на Рис.2.
Рисунок 2. Гидрофобное ядро, образуемое при тетрамеризации
