Макромолекулярный докинг¶
In [1]:
from xmlrpclib import ServerProxy
from IPython.display import Image
import os, sys
In [2]:
%%bash
export LD_LIBRARY_PATH=${LD_LIBRARY_PATH}:/home/preps/golovin/progs/lib
export PATH=${PATH}:/home/preps/golovin/progs/bin
In [4]:
%%bash
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/amylase.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/camelid.pdb
wget http://kodomo.cmm.msu.ru/~golovin/zdock/uniCHARMM
In [7]:
%%bash
## добавим водороды; Запускал с putty, т.к. параметр -ff тупит.
pdb2gmx -f amylase.pdb -o amylase_h.pdb -p -ignh
pdb2gmx -f camelid.pdb -o camelid_h.pdb -p -ignh
препроцессинг файлов pdb¶
In [12]:
%%bash
## Не запускается отсюда, но в putty прекрасно работает
mark_sur amylase_h.pdb amylase_m.pdb
mark_sur camelid_h.pdb camelid_m.pdb
Судя по сжатому описанию, программа помечает поверхностные основания в pdb файле.
zdock¶
Подготовка файлов для zdock: Для успешной работы zrank и zdock из pdb файлов надо удалить строчки MODEL и TER Установлено, что: 1. замечательной программе zrank очень нужна пустая строка до начала записей об атомах. 2. полезно убрать именно вторую строчку из копии zdock.out (zdock.out.cp) и использовать её для работы zrank.
Предварительный анализ результатов докинга с помощью утилиты zrank¶
In [28]:
%%bash
## Убрал вторую строчку в копии zdock.out.cp
zrank zdock.out.cp 1 2000
In [30]:
%%bash
sort -n -k2 zdock.out.cp.zr.out | head
Не совсем понятно, откуда брать pdb файл со всеми состояниями... Использовал онлайн-сервис, который мне их пообещал закинуть в выдачу: http://zdock.umassmed.edu/. И закинул. Позволяет просмотреть n лучших моделей (я выбрал 10, думаю, они совпадают как-то со списком выше).
In [166]:
import __main__
__main__.pymol_argv = [ 'pymol', '-cp' ]
import pymol
pymol.finish_launching()
In [167]:
from pymol import cmd
In [168]:
from IPython.display import Image
In [180]:
cmd.do('''
remove all
reinitialize
cd /home/students/y12/iltarn/Term6/Practice11
set ray_trace_mode, 0; red
set ray_opaque_background, off
set antialias, .5
set light_count, 8
set ambient, 0.5
set ray_trace_color, red
set cartoon_side_chain_helper, on
''')
In [181]:
cmd.do('''
fetch 1kxt
''')
In [189]:
cmd.do('''
remove solvent
remove chain C+D+E+F
as cartoon, 1kxt
color tv_blue, 1kxt
center 1kxt
load complex.7.pdb, c1
as cartoon, c1
color red, c1
select rsa, /1kxt/A/A/SER`177/CA or /1kxt/A/A/GLU`29/CA or /1kxt/A/A/ASN`279/CA
select cs1, /c1//A/SER`177/CA or /c1//A/GLU`29/CA or /c1//A/ASN`279/CA
pair_fit rsa, cs1
center 1kxt
rotate x, -45
rotate y, 60
ray 700,550
png 1.png
''')
In [192]:
Image(filename='1.png')
Out[192]:
... Более-менее совпадает только 7-й вариант.
In [193]:
Image(filename='7.png')
Out[193]:
Использование g_rms¶
In [3]:
%%bash
g_rms -s 1kxt.pdb -f complex.1.pdb -o result.xvg
# Не понятно, что делать.