Гомология и выравнивание

Семейство Glycosyl transferases group 1
PF-номер PF00534
ID PIGA_HUMAN
Число последовательностей(seed) 44
Число последовательностей(full) 529k
Число доменных структур 2666
Число видов, у которых встречается 35202

Мутации в домене приводят к развитию Пароксизмальной ночной гемоглобинурии. Отвечают за перенос сахаров на различные субстраты. Фермент соответсвует классу 2.4.1.-(Гликозилтрансферазы). Распространенность по таксонам: 81.78% - бактерии; 13.26% - эукариоты; 4.45% - археи; 1.3е-3% -вирусы; 8.52e-4% - другие.

Bыравнивание seed с точки зрения гомологичности всех последовательностей или их подмножества

Не имеется максимально достоверных блоков, включающих все последовательности. Максимальнодостоверный блок имеет одну делецию. Составная аминоксилота - Глинин, у последовательности с точечной заменой (KDTA_HAEIN/233-404) позиция представлена Аспарагиновой кислотой. Начальный и конечный десяток аминокислотных остатков не представляют достоверных подблоков, в большинстве случаев даже функциональная консервативность - явление редкое. Наибольшее количество блоков (более 70% идентичности) локализовано в диапазоне выравнивания с 145 по 161 в количестве 6 единиц. К периферии количество блоков заметно уменьшается, из чего можно предположить, что главный функциональный элемент белков - активный центр - расположен где-то в этом интервале. Проект

Различие доменов у разных доменных архитектур

Выбранные архитектуры:

Консервативный блок примерно с 1286 по 1849 аминокислотный остаток выравнивания. Вторая группа белков обладает более выраженной гомологией, в то время как у первой группы блоки отдаленно придерживаются общей тенденции. Как итог - блоки отличны. Выравнивание

Dotplot

Карта локального сходства

Белки, по которым строилось выравнивание и Dot Plot: G7ZIY8_AZOL4 с доменной архитектурой PF13524 - IPR001296 (Glyco_trans_1_2 - Glyco_trans_1) и B5Y3C6_PHATC c архитектурой IPR031814 - IPR031814 - IPR001296 (ALG11_N - Glyco_trans_1). Из графика мы видим, что прямая непрерывная, что обозначает отсутствие гэпов на участке обнаруженного выравнивания, однако длина, отображенная на Dot Plot меньше длины домена (~150-170 ак). Что значит, что участки не имеют выравнивания на всей длине домена.