Kuznetsov Ilya (prak8)

Изучение протеомов

Первый протеом Corynebacterium ureicelerivorans - UP000028939

CPD:

BUSCO

Второй протеом Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) -UP000002198

CPD:

BUSCO

Чтобы скачать протеомы бактерий, были составлены соответствующие URL и использованы команды (Для первой и второй бактерии соответственно):

"wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000028939' -O ./pr8/UP000028939.swiss.gz"
"wget 'https://rest.uniprot.org/uniprotkb/stream?compressed=true&format=txt&query=proteome:UP000002198' -O ./pr8/UP000002198.swiss.gz"

Сравнение протеомов

Первый протеом

Поиск по (proteome:UP000028939) AND (keyword:Transmembrane) выдавал 374 результата. В то же время при просмотре белков протеома с фильтром Proteins with Transmembrane выдавалось 370 результатов. Как оказалось, фильтр не рассматривал белки:

A0A077HIW2
A0A077HRR1
A0A077HQC8
A0A077HLN4

Из общего у всех этих белков ключевое слово прописывалось автоматически, из-за чего не было подтверждения их природы. Получается, если не рассматривать белки со спорной структурой, то содержание трансмембранных белков составит 20,14%.

Поиск ферментов (proteome:UP000028939 AND (ec:3.-.-.-) - пример поиска гидролаз; либо сгруппировав выдачу по классам ферментов: Group by -> Enzyme class):

Гидролазы: 87;18%-отношение ко всем ферментам
Изомеразы: 33; 7%
Лигазы: 66; 14%
Лиазы: 53; 11%
Оксидоредуктазы: 60; 13%
Трансферазы: 166; 35%
Транслоказы: 10; 2%

Суммарно - 475 ферментов.

Третьим рассматриваемым параметром будет наличие домена "Цинкового пальца". Сгрупперовав выдачу (Group by -> zinc finger) , получаем 6 белков, все они связываются с ДНК. Преобладающий тип представленный в записях - С4. Однако поиск домена в InterPro не дал по такому поиску никаких результатов, из близкого есть С4Н2 семейство, которое из описания не всегда связываетсяч именно с цинком, засто бывает это может быть либо железо, либо никакого металла вовсе.

Второй протеом

Аналогично прошлому пункту, поиск трансмембранных белков по ключевому слову дал завышенный результат: 541, в то время, как поиск с фильтром дал результат в 536 штук. Таким образом содержание трансмембранных белков составляет 23,66%.

Ферментный состав:

Гидролазы: 105;19%-отношение ко всем ферментам
Изомеразы: 41; 7%
Лигазы: 67; 12%
Лиазы: 60; 11%
Оксидоредуктазы: 71; 13%
Трансферазы: 202; 36%
Транслоказы: 11; 2%

Cуммарно - 557 ферментов. Что мы и видим, сгруппировав выдачу по классам ферментов.

Здесь поиск "цинковых пальцев" выдал 7 результатов, которые также связываются с молекулой ДНК. Из новых типов - FPG. Однако поиск такого типа не выдал ни одного результата.

Другие отличия

Был проведен анализ белков, лиганды которых представлены катионами металлов. Для этого проводился поиск по ключевым словам (proteome:UP000028939 AND (keyword:KW-0476) - поиск ртути, proteome:UP000028939 AND (keyword:KW-0826) - поиск вольфрама), или же при помощи средств bash (zgrep 'KW ' UP000028939.swiss.gz|zgrep 'Mercury'|less):

Как можно заметить, Corynebacterium ureicelerivorans не имеет белков с кальцием, в то время как у Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) их насчитывается 4 единицы. Из них 2 - трансферазы. Так же есть и обратная ситуация. Corynebacterium ureicelerivorans имеет белок с катионом ртути, в то время как Corynebacterium diphtheriae (strain ATCC 700971 / NCTC 13129 / Biotype gravis) его лишена. Белок является ферментом - лиазой.