Выравнивание последовательностей

Глобальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein Name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels
Multifunctional CCA protein (ECOLI); CCA-adding enzyme (BACSU) CCA_ECOLI CCA_BACSU 213.5 22.6% 37.5% 27.5% 22
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MURQ_ECOLI MURQ_BACSU 736.0 46.4% 65.1% 2.0% 1
Aminodeoxychorismate(/anthranilate(BACSU)) synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 640.0 58.2% 77.8% 3.6% 1

Локальное парное выравнивание гомологичных белков

Protein name ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
Multifunctional CCA protein (ECOLI); CCA-adding enzyme (BACSU) CCA_ECOLI CCA_BACSU 223.0 24.8% 41.5% 21.4% 21 90.29% 89.42%
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MURQ_ECOLI MURQ_BACSU 739.0 47.6% 66.9% 0.0% 0 99.33% 97.37%
Aminodeoxychorismate(/anthranilate(BACSU)) synthase component 2 PABA_ECOLI PABA_BACSU 641.0 61.1% 81.6% 0.0% 0 98.93% 95.36%

Программы выравнивания к неродственным белкам

Выравнивание ID 1 ID 2 Score % Identity % Similarity Gaps Indels Coverage 1 Coverage 2
needle ZNTA_ECOLI CCA_ECOLI 31.5 9.8% 17.2% 64.3% 28 - -
water ZNTA_ECOLI CCA_ECOLI 45.0 19.9% 31.8% 26.2% 14 36.34% 70.87%

Выравнивание в программах проводилось со стандартными параметрами:

Из значительно низкого веса, степени идентичности и схожести, а также большого количестве гэпов, можно сделать вывод о негомологичности исследуемых белков.

Множественное выравнивание

Мнемоника: MURQ_; Название белка: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase; Нашлось 204 референсных белка;Выбранные белки приведены в выравнивании Ссылка на проект. У всех белков есть ярко выраженные консервативные участки:

и другие.