Выравнивание геномов

Последовательности выбраны на сайте NCBI. Изначально рассматривался организм - Betacoronavirus. От него в базе NCBI Virus, отфильтровав выдачу по таксону бетакоронавируса, выбрал два интересных вируса: Murine hepatitis virus и human coronavirus OC43 - у обоих послостью отсеквенирован геном. Далее пользуясь алгоритмами BLAST, были построены две карты локального сходства за счет работы разными методами: blastn и megablast.

Можем наблюдать. что сильно схожие участки, обнаруженные megablast, также отражены и на карте blastn. (AY700211;AY585228)

• [7000:21500; 7000:22000]
• [28500:31000; 28000:31000]

Однако выдача blastn показывает, что участки, ранее не нашедшие выравнивания, имеют более низкую степень схожести. Так геномы обоих вирусов почти полностью покрываются выравниванием. По этой карте можно предположить вставки в окрестностях 4000 и 6500 нуклеотидов у AY700211, обратное делеции в другой последовательности. Тот же случай предполагается в окрестности 28000 нуклеотидов той же последовательности. Для более точной оценки необходимо рассмотреть участки в большем масштабе.