Для сравнения рассмотрим структуру 1bna и ее тимин в седьмой позиции в структуре 1bna. В сторону большой бороздки обращены следующие атомы:
В сторону малой бороздки:
Красные атомы - большая бороздка, голубые - малая
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
| Тип спирали | Правая | Правая | Левая |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки | 11.4 (A/DC`3/P - B/DG`6/P) | 17.4 (A/DA`6/P - B/DG`16/P) | None |
| Ширина малой бороздки | 15.9 (B/DG`12/P - A/DG`6/P) | 9.8 (A/DC`9/P - B/DT`20/P) | 7.2 (A/DG`11/P - B/DG`33/P) |
Для этого задания рассмотрим структуру - 2cv1. Посредством команд find_pair и analyze получен 2сv1.out. Из него мы определяем между какими основаниями образуется взаимодействия, и кто из них образует стебли: 501-507 c 572-566; 549-553 c 565-561; 538-544 c 532-526; 510-513 c 525-522. Неканонические пары: G502--U571; U555--G518; A538--C532; A544--G526; U513--G522; G502--U571. Дополнительные водородные связи: U554--A558; U555--G518; A538--C532; A544--G526; A514--U508; G515--C548;U554--A558.