Для тРНК - 2cv1 - попробуем представить вторичную структуру, при помощи разных программ. Выдача einverted:
По алгоритму Зукера с помощью ViennaRNA:
| Участок структуры | Позиции в структуре (по результатам find_pair) | Результаты предсказания с помощью einverted | Результаты предсказания по алгоритму Зукера |
| Акцепторный стебель | 501-507 : 572-566 | 1-9 : 31-23 | 1-7 : 71-65 |
| D-стебель | 510-513 : 525-522 | - | 9-14 : 26-22 |
| T-стебель | 549-553 : 565-561 | - | 48-52 : 64-60 |
| Антикодоновый стебель | 526-532 : 544-538 | - | 27-31 : 43-39 |
| Общее число канонических пар нуклеотидов | 23 | 9 | 23 |
Рассмотрим комплекс ДНК и белка - 1h9t. Структура комплекса:
Для подсчета соответствующих множеств атомов задействовались команды в PyMol. Взято в рассмотрение при условии, что полярные атомы - O, N, а неполярные атомы - C, S, P; полярные контакты предполагаются при сближении атомов в структуре на дистанции меньше 3.5A, а неполярные - на дистанции меньше 4.5A.
| Контакты атомов белка с: | Полярные | Неполярные | Всего |
| остатками 2'-дезоксирибозы | 8 | 40 | 48 |
| остатками фосфорной кислоты | 19 | 16 | 35 |
| остатками азотистых оснований со стороны большой бороздки | 13 | 11 | 24 |
| остатками азотистых оснований со стороны малой бороздки | 3 | 7 | 10 |
Схемы контактов, полученные с помощью nucplot, представлены ниже. Файл выдачи
Исходя из содержания полученных схем определяем, что Gly66(A) обладает наибольшим количеством контактов. Его положение со связами приведено ниже:
Самые сильные связи, найденные програмой — водородные, поэтому аминокислота, с которой больше всего водородных связей, должна быть самой важной для структуры. Предполагаемый участок был найден, в нём 4 аминокислоты из разных участков B-цепи белка связываются с двумя последовательными нуклеотидами. Иллюстрация приведена ниже
