((PARGO,BRAPC),(LEPTH,BUGNE,LOXAA,(LUMTE,MYZSE),(MYTED,HETBL,(ALBCA,CEPNE))));
Для построения приведенной выше модели использовался iqtree. Он предлагает вариант неразрешенного дерева, отдаленно похожего на дерево таксономии. Однако даже так кроме улиток нельзя увидеть какие-то правильные собранные клады, но в отличие от деревьев в прошлых практикумах "внешняя группа" из PARGO и BRAPC оказались достаточно близко. Если провести аналогию с цитохромами, то есть похожаая клада (BUGNE,(HETBL,(ALBCA,CEPNE))), только с измененным порядком HETBL и BUGNE. Похожая ситуацияя наблюдается у клады ((MYZSE,PARGO),(BRAPC,LEPTH)) только в отличие от цитохромов она также вкючает PARGO.
Внешним организмом был выбран - Danio rerio c мнемоникой DANRE (KM244705). Дерево, как и в предыдущем пункте, строилось с использованием iqtree. В целом добавление последовательности внешнего организма не сильно изменило общую топологию, сохранив клады, описанные выше.
Для построения данного дерева использовалось fastme, дерево постоенно для 12S rRNA. Данное дерево сохранило часть клады (HETBL,(ALBCA,CEPNE)), BUGNE ушел выше по дереву. Но тут можем выделить большую схожесть ((PARGO,MYZSE),(MYTED,(LEPTH,BRAPC))) с кладой построенной iqtree. Если говорить о значениях бутстрепа, то все они преимущественно меньше 60, кроме двух ветвей: к (ALBCA,CEPNE) и (LEPTH,BRAPC) причем последняя пара это отдаленные по таксономии организмы, однако их показатель бутстрепа достигает самого большого значения, даже больше чем у близкородственной пары (ALBCA,CEPNE). Если оценивать поддержку будстрепа, то ответ неоднозначный. Так к примеру, близкая группа (HETBL,(ALBCA,CEPNE)) имеет маленькую поддержку (28), хотя по таксономии является верной.