Отчет по Практикуму 3. Филогенетическое дерево.

Кузнецов Илья, группа 202

((PARGO,BRAPC),(LEPTH,BUGNE,LOXAA,(LUMTE,MYZSE),(MYTED,HETBL,(ALBCA,CEPNE))));

Вид дерева NCBI, таксономия

Реконструкция дерева по нуклеотидным последовательностям

Первое - последовательность 12S rRNA; второе - дерево по таксономии; третье - дерево по цитохромам

Для построения приведенной выше модели использовался iqtree. Он предлагает вариант неразрешенного дерева, отдаленно похожего на дерево таксономии. Однако даже так кроме улиток нельзя увидеть какие-то правильные собранные клады, но в отличие от деревьев в прошлых практикумах "внешняя группа" из PARGO и BRAPC оказались достаточно близко. Если провести аналогию с цитохромами, то есть похожаая клада (BUGNE,(HETBL,(ALBCA,CEPNE))), только с измененным порядком HETBL и BUGNE. Похожая ситуацияя наблюдается у клады ((MYZSE,PARGO),(BRAPC,LEPTH)) только в отличие от цитохромов она также вкючает PARGO.

Укоренение во внешнюю группу

Вид укорененного дерева с внешней группой - аквариумной рыбкой

Внешним организмом был выбран - Danio rerio c мнемоникой DANRE (KM244705). Дерево, как и в предыдущем пункте, строилось с использованием iqtree. В целом добавление последовательности внешнего организма не сильно изменило общую топологию, сохранив клады, описанные выше.

Вид дерева с поддержкой Бутстреп

Слева - fastme; Справа - iqtree

Для построения данного дерева использовалось fastme, дерево постоенно для 12S rRNA. Данное дерево сохранило часть клады (HETBL,(ALBCA,CEPNE)), BUGNE ушел выше по дереву. Но тут можем выделить большую схожесть ((PARGO,MYZSE),(MYTED,(LEPTH,BRAPC))) с кладой построенной iqtree. Если говорить о значениях бутстрепа, то все они преимущественно меньше 60, кроме двух ветвей: к (ALBCA,CEPNE) и (LEPTH,BRAPC) причем последние по таксономии последняя группа это отдаленные организмы, однако их показатель бутстрепа достигает самого большого значения.