Было решено выбрать домен с PFAM ID PF10566. Этот домен является каталитической областью семейства бактериальных гликозилгидролаз.
| Информация | Комментарии | |
|---|---|---|
| Выравнивание seed | 44 последовательности, 369 колонок | |
| Максимальный достоверный блок, включающие ВСЕ последовательности (МДБ-all) | Колонки 224-249 | |
| 100% консервативные колонки в МДБ-all | 224:H, 231:[G,L], 236:[Y,W], 237:P, 243:E, 249:E. | |
| Максимальный достоверный блок, включающий НЕ ВСЕ последовательности. (МДБ-notAll) | Последовательности 1-40, колонки 273-290 | Также с этим же множеством последовательностей было найдено большое количество других максимальных достоверных блоков. Например, колонки 68-78, 224-249, 326-339. |
| 100% консервативные колонки в МДБ-notAll | 273:[V,L,I,F,M], 274:P (28 ИЗ 40), 275:[F,W] (37 из 40), 276:T (28 из 40), 277:R (39 из 40), 278:[M,F,L] (34 из 40), 279:[L,A,I,V,M] (35 из 40), 281:G, 282:P (35 из 40), 283:[M,A,I,L,V,F] (38 ИЗ 40), 284:D (39 из 40), 286:[Q,T] (38 из 40), 287:P (37 из 40), 288:G (38 из 40), 289:[I,A,V,M] (27 из 40), 290:[F,M,L,V]. | |
| Участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков, и потому маловероятно, что выравнивание на этом участке отражает ход эволюции. | Колонки 291-318 | Чтобы проверить, действительно ли данный участок выравнивания не отражает эволюционных процессов, были сформированы группы по данным столбцам. В итоге каждая группа состояла лишь из одной строки, что указывает на различия в белковых последовательностях в этих колонках. Также в данном регионе довольно большой участок с гэпами. |
Проект Jalview. Обозначения окон в проекте Jalview: MDB-all — максимальный достоверный блок, включающий ВСЕ последовательности, MDB-all-100% — 100% консервативные колонки в МДБ-all, MDB-notall — максимальный достоверный блок, включающий не все последовательности, No_DB — участок выравнивания, в котором нет никаких достоверных подблоков.