Практикум 3. A- и В- формы ДНК. Структура РНК.
Задание 1. A-, B-, Z-формы ДНК
С помощью пакета 3DNA (команды fiber) были получены 3D-структуры фрагментов цепей ДНК в A-, B- и Z-формах. A-форма ДНК, B-форма ДНК, Z-форма ДНК.
Задание 2.
Для анализа я использовал структуру A-формы. На рисунке 1, сделанном в программе PyMOL, показан нуклеотид с цитозином в составе цепи ДНК. Атомы, ориентированные к большой бороздке, выделены красным, к малой — синим. Голубым выделены атомы C, не причастные к азотистому основанию, зеленым — атомы O, также не причастные к азотистому основанию.
В сторону большой бороздки (окрашены красным) обращены: N3, C4, N4, C5, C6. В сторону большой бороздки (окрашены синим) обращены: N1, C2, O2. |
|---|
| A-форма | B-форма | Z-форма | |
|---|---|---|---|
| Тип спирали | Правозакрученная | Правозакрученная | Левозакрученная |
| Шаг спирали (Å) | 28.03 | 33.8 | 43.5 |
| Число оснований на виток | 11 | 10 | 12 |
| Ширина большой бороздки (Å) | 16.8 (A/DC'15 — B/DC'28) | 17.2 (A/DC'6 — B/DC'32) | 18.6 (A/DG`13 - B/DC`26) |
| Ширина малой бороздки (Å) | 8.0 (A/DT'7 — B/DC'28) | 11.7 (A/DT'7 — B/DA'38) | 8.7 (A/DG'13 — B/DG'33) |
Задание 3. Определение параметров структур нуклеиновых кислот с помощью программ пакета 3DNA
С помощью программ find_pair и analyze из пакета 3DNA была обработана структура 1f7v. Файл с предсказаннами водородными связями.
Координаты стеблей:
(901-907 — 972-966) — Акцепторный стебель
(949-953 — 965-961) — T-стебель
(939-944 — 931-926) — Антикодоновый стебель
(910-913 — 925-922) — D-стебель
Неканонические пары оснований:
P901-A972, U905-G968, t954-a958, P955-G917, A943-P927, A944-g926, C913-C922, A914-U908, A915-U948
Дополнительные водородные связи: 915A-U948, G918-C956