Заголовок структуры:
METAL-BINDING PROTEIN
Название структуры:
YFIT FROM BACILLUS SUBTILIS IS A PROBABLE METAL-DEPENDENT HYDROLASE WITH AN UNUSUAL FOUR-HELIX BUNDLE TOPOLOGY

Цепи макромолекул:

 
Идентификатор цепи Число остатковНазвание молекулыКомментарии
A 178 YFIT  NUMBER OF NON-HYDROGEN ATOMS USED IN REFINEMENT.
PROTEIN ATOMS : 5778
NUCLEIC ACID ATOMS : 0
HETEROGEN ATOMS : 41
SOLVENT ATOMS : 478
 
B 178 YFIT  
C 178 YFIT  
D 178 YFIT  

Низкомолекулярные вещества:

 
IDНазваниеФормулаЧисло молекулКомментарии
MSE SELENOMETHIONINE
(селенометионин) 		C5 H11 N O2 SE 12 - по три в каждой цепи  
NI NICKEL (II) ION
(ион никеля (II))  		NI 2+ 4 - по одной в каждой цепи  
GLU GLUTAMIC ACID
(глутаминовая кислота) 		C5 H9 N O4 1 (D)  
SER SERINE
(серин) 		C3 H7 N O3 2 (D)  
ALA ALANINE
(аланин) 		C3 H7 N O2 1 (D)  
THR THREONINE
(треонин) 		C4 H9 N O3 1 (D)  
GLY GLYCINE
(глицин) 		C2 H5 N O2 1 (D) 
HOH Вода H2O *469  

Изображение структуры:

  • Discriminating chains witn colors. A-red, B-blue, C-green, D-yellow.
  • Multy-atom lygands in wireframe-spacefill model (white).
  • Mono-atom lygands in spacefill model (Ni-pink) and water (blue).
  • Only C-chain in backbone model.
  • Terminal aa in wireframe-spacefill model

  • Скрипт для RasMol

    Дополнительные задания:

    Форма белка YFIT_BACSU представляет собой
    два связанных перемычкой шара, что-то вроде гантели.     		Характерные размеры:
    радиус каждого "шара" составляет 28 А.
    Distance Gly176D.0-THR144A.O:56.01
    Апроксимирую каждую часть моего белка сферой.
    Объем всей молекулы будет равен удвоенному объему
    шара радиуса 28 А. Объем: 1.8*10^(-25) m.
    При аппроксимировании клетки Escherichia coli
    цилиндром r=0.5µm и h=2µm её объем = 1.6*10^(-18).
    Тогда в клетку поместится число молекул, равное
    отношению названных объемов,= 8.888.889 штук.
    Для решения задачи про то, сколькими молекулами
    будет представлен каждый белок, достаточно
    разделить 8.888.889 на 4400, ответ: 202045 молекулами.
    Задача про видимость в микросткопе.
    Разделим л/2 на длину моей молекулы (112 А) в квадрате - площадь,
    в итоге: л/25088 молекулы.
    Третья аминокислота моего белка - серин -
    выделяется в RasMol'е из всей молекулы протеина
    командой: restrict SER7:A.
  • Серин в ACD ChemSketch
  • Серин в RasMol

    • Серин в RasMol и ACD ChemSketch

    Отличия в изображении одного и того же аминокислотного остатка вызваны следующими причинами:
  • На изображении из RasMol отсутствуют атомы водорода, что вызвано тем, что при прхождении рентгеновских лучей водород не распознаётся ввиду своей малости.
  • На этом же изображении нет и одного атома кислорода, так как представленный остаток был извлечен из общей структуры белка, для образования пептидных связей которого необходима коденсация воды, содержащей, как известно, кислород.
  • Заметны совершенно различные значения одних и тех же торсионных углов. В RasMol они вычислены на основе рентгеноструктурного анализа, а в ACD ChemSketch нет абсолютно никакой связи с реальным состоянием.
    • ©Vakil Takhaveev