|
Как было установлено ранее, исследуемый белок состоит из четырех идентичных цепей.
В связи с этим для выявления гидрофобного взаимодействия фенилаланина была рассмотрена
лишь цепь А, содержащая три остатка данной аминокислоты. Для выявления
фенилаланина, имеющего наибольшее количество гидрофобных контактов, были проведены манипуляции,
которые прекрасно отражаются в скрипте.
Также были задействованы возможности Exel, где осуществлялся отбор только гифрофобных аминокислот: |
Водородная связь между гидроксилом треонина (донор) и побочным карбонилом глутамина (акцептор)
|
Для определения остатков, взаимодействующих посредством водородных связей, была задана команда restrict *A and not HOH and not *.O, затем простым наблюдением была установлена представленная пара. Во втором случае команда несколько видоизменена: restrict *A and not HOH and not oxygen and not *.N. |
Водородная связь между побочной аминогруппой глутамина
(донор) и индольным азотом триптофана (акцептор)
|
|
На рисунке представлен пример дисульфидного мостика в молекуле инсулина. В моем белке отсутствуют подобные взаимодействия. |