Задание 1

Само выравнивание
Исходные последовательности

Процент идентичности оказался равным проценту сходства, так как все пары неодинаковых букв обладают отрицательным весом. Процент идентичности составляет 59,1%.
(Исходные короткие последовательности были предназначены не для меня, а для Цепковой Полины. В связи с ошибкой восприятия были перепутаны.)

Задание 2

В результате использования программы bl2seq получено выранивание:
Query  143  DTKEIITLENALGLYVWHSH  162
            DTKEIITLENALGLYVWHSH   
 

Sbjct  1    DTKEIITLENALGLYVWHSH  20

Из него следует, что в полной поледовательности белка отрывок seq1 находится между 143 и 162 аа.

Задание 3

  • Были выравнены белки Putative metal-dependent hydrolase из Bacillus subtilis и Putative metal-dependent hydrolase из Bacillus halodurans.
  • Процент идентичности - 39%, процент сходства - 63%.
  • Число гэпов - 2 (из 163 выровненных пар) или 1%.
  • От 8 до 170 в исходной последовательности, от 5 до 165 - в данной.

    Карта локального сходства:

    Задание 1*

    Выравнивание

    Задание 2*

  • Выбрав матрицу PAM30, обнаружил, что процент сходства стал равным 48% (по сравнению с предыдущим 63%), когда же процент идентичности не изменился. Это говорит о том, что в данной матрице более строгая наценка весов для сходных аа.
  • Изменив штраф за гэп на "Existence: 9 Extension: 2" (исходный - 11, 1), получил вес за выравнивание 143 бита, меньший, чем при исходном - 137 битов: гэпы штрафуюся меньшим количеством баллов при новых параметрах.
    ©Vakil Takhaveev