Задание 1. BLOSUM62

seq1–TET EMIV–ALDPNGLRPLSIG
seq2STET EMIYTA L–TCGLAPLYIV
Вес–12555 554–1–124 4 –12 –1 –3 6 4 –1 7 4 –2 4 –3

Вес выравнивания: 15

 

Задание 2. Stretcher

Выравнивание
В результате использования программы Stretcher было получено: 
# Length: 21
# Identity:      11/21 (52.4%)
# Similarity:    11/21 (52.4%)
# Gaps:           1/21 ( 4.8%)
# Score: 26
# 
#
#=====================================

                10        20
  seq1 -TETEMIVALDPNGLRPLSIG
        ::::::      :: :: : 
  seq2 STETEMIYTALTCGLAPLYIV
               10        20
По сравнению с собственным выравнивание полученное на два гэпа меньше. Отсюда и различные веса: первое 15, второе 26. Это вытекает из того, что собственное выравнивание строилось с расчетом на максимальную идентичность, а stretcher стремился к максимальному весу.

Задание 3. Needle и Water

  • Выравнивание a
  • Выравнивание b
    a. 
    YFIT_BACSU         8 YPIGEYKPRESISKEQKDKWIQVLEEVPAKLKQAVEVMTDSQLDTPYRDG     57
                     ||||::.....:.::....||:.:..:|::|......:.:.:|...||:.
Y277_BACHD         5 YPIGQFNCPSEVQEKDIQMWIKEITTLPSRLHALTVSLDELELTKTYREN     54

YFIT_BACSU        58 GWTVRQVVHHLADSHMNSYIRFKLSLTEETPAIRPYDEKAWSELKDSKTA    107
                     .|.|||::||::|||:|.|:|.||:|||:.|.::.|:|..|::|.|.: .
Y277_BACHD        55 SWNVRQLIHHISDSHLNGYMRMKLALTEDNPVVKTYEESEWAKLIDYE-L    103

YFIT_BACSU       108 DPSGSLALLQELHGRWTALLRTLTDQQFKRGFYHPDTKEIITLENALGLY    157
                     ....||.||:.||.|||.||:.||..|.:|.:.:|| ..|:.:|.::.||
Y277_BACHD       104 PIRVSLQLLESLHERWTYLLKNLTATQLQRTYQYPD-GSIMRIEQSIALY    152

YFIT_BACSU       158 VWHSHHHIAHITE    170
                     .||.:||:|||.:
Y277_BACHD       153 AWHGNHHLAHIQQ    165
    		В частичное выравнивание вошли белковые участки: 8-170, 5-165.
    b. 
    YFIT_BACSU                  YPIGEYKPRESISKEQKDKWIQVLEEVPAKLKQAVEVMTDSQL     50
                            ||||::.....:.::....||:.:..:|::|......:.:.:|
Y277_BACHD                  YPIGQFNCPSEVQEKDIQMWIKEITTLPSRLHALTVSLDELEL     47

YFIT_BACSU        51 DTPYRDGGWTVRQVVHHLADSHMNSYIRFKLSLTEETPAIRPYDEKAWSE    100
                     ...||:..|.|||::||::|||:|.|:|.||:|||:.|.::.|:|..|::
Y277_BACHD        48 TKTYRENSWNVRQLIHHISDSHLNGYMRMKLALTEDNPVVKTYEESEWAK     97

YFIT_BACSU       101 LKDSKTADPSGSLALLQELHGRWTALLRTLTDQQFKRGFYHPDTKEIITL    150
                     |.|.: .....||.||:.||.|||.||:.||..|.:|.:.:|| ..|:.:
Y277_BACHD        98 LIDYE-LPIRVSLQLLESLHERWTYLLKNLTATQLQRTYQYPD-GSIMRI    145

YFIT_BACSU       151 ENALGLYVWHSHHHIAHITE
                     |.::.||.||.:||:|||.:  
Y277_BACHD       146 EQSIALYAWHGNHHLAHIQQ
    		Локальное выравнивание совпадает с "ограничением" глобального на названные участки (одно и то же число гэпов, совпадения начала и конца).
    c.
    Вес локального - первого - выравнивания составляет 354, а глобального 348.

    Вес оптимального глобального выравнивания не может быть больше веса оптимального локального выравнивания, так как даже если первое будет содержать в себе последнее и они не будут равны, то глобальный вариант неминуемо будет оштрафован за наличие гэпов.

    Задание 1*. Dotmatcher

    Задание 2*. Matcher

    Выравнивание
    Прграмма matcher представила 3 подпоследовательности (так как была использована команда matcher -alternatives 3) с весами 350, 37 и 24 соответственно. Примечательно, что, несмотря на большое различие в процентах идентичности и длинах самих выравненных участках, процент сходства кажется весьма "консервативным":62,6%, 52,4%, 53,3%.
    ©Vakil Takhaveev