Задание1. Создание паттернов по множественному выравниванию и поиск по ним в банке Swiss-Prot
Фрагмент множественного выравнивания гомологов белка yfit_bacsu
Фрагмент получен изменением ширины окна программы GeneDoc и возможностями Manual Shade Mode.
Таблица1. Результаты поиска по паттернам в банке Swiss-Prot
| Характеристика паттерна |
Паттерн |
В скольких последовательностях банка Swiss-Prot
найден мотив, удовлетворяющий паттерну? |
Все ли последовательности из Вашего выравнивания найдены? |
| Фрагмент последовательности |
KLSLTEETPAIRPY |
1 |
Не все. Только белок yfit_bacsu, из которого и был извлечен фрагмент. |
| Сильный |
K[LW][ATGS][LIM]T[ED][EDK][SRVKNT]P[TSAVLH][VI][KRP][PTA][EY][DEK][QE][ENSKQ][KLDENG][WF] |
16 |
Не все. Лишь 7 из 11. |
| Слабый |
K[LIWM]x[LVAIM]T[ENQD]x(2)Px[VILM][KRPHW]x[EY]x[QEND]x(2){AG} |
18 |
Не все. Лишь 7 из 11. |
Составленные паттерны были заданы в поисковую программу ProSite для поиска родственных белков. Ни во втором, ни в третьем случае
ProSite не выдал 4 исходных последовательности (на представленном выше множественном выравнивании под номерами 1, 3, 4 и 9 начиная сверху).
Зато много родственных последовательностей было найдено среди рода Bacillus.
Задание2. Поиск и описание всех мотивов в белке yfit_bacsu
| Идентификатор документа PROSITE (AC) |
Название мотива |
Краткое описание мотива |
Тип подписи (паттерн, профиль) |
Паттерн (регулярное выражение) |
Специфична ли подпись? |
Сколько мотивов нашлось в белке? |
| PS00001 |
ASN_GLYCOSYLATION |
Сайт N-гликозилирования |
паттерн |
NLSY |
Не специфична |
1 |
| PS00006 |
CK2_PHOSPHO_SITE |
Сайт фосфорилирования казеин киназой II |
паттерн |
[ST]-x(2)-[DE] |
Не специфична |
3 |
| PS00005 |
PKC_PHOSPHO_SITE |
Сайт фосфорилирования киназой С |
паттерн |
[ST]-x-R |
Не специфична |
2 |
©Vakil Takhaveev
