Отчет к заданию 10, 2011

Задание1.

Доменная структура белка YFIT_BACSU по данным Pfam
Cхема из Pfam:
Пояснения к схеме
№	Pfam AC	Pfam ID	Полное название семейства доменов	Положение в последовательности белка YFIT_BACSU	Клан
1.	PF12867	DinB_2	Неописанное семейство потенциальных ферментов.	30–168	Клан DinB (CL0310), содержит 8 семейств и 4898 доменов. Это ферменты, координирующие ион металла с помощью консервативной триады гистидинов.

Задание2.

В 20 разных архитектур входит домен.
Для 2153 белков, содержащих этот домен, известна последовательность.
Для 7 разных белков, содержащих домен, определена пространственная структура.
Выравнивание seed.

Достоверность представленного выравнивания и гомологичность доменов вызывает большие сомнения. Так, в соответствии с предложенными критериями гомологичности нет. Но с той или иной степенью приближения можно предположить, домены 442-450 гомологичны. Хотя я считаю, что данное выравнивание не демонстрирует гомологичности, а выделенные совпадения являются случайными.

Задание3.

Доменная архитектура белка B0XUL4_ASPFC гриба Aspergillus fumigatus

Представленность доменов DinB_2 и FGE-sulfatase в организмах разных видов

Таксон		Количество белков с доменом DinB_2	Количество белков с доменом FGE-sulfatase
Эукариоты	Зеленые растения	2	4
	Грибы	46	50
	Животные	4	82
	Остальные эукариоты	12	20
Археи		5	18
Бактерии		2078	2067
Вирусы		0	3

Судя по данным в таблице, могу утверждать, что домен FGE-sulfatase вообще более распространен среди данных таксонов, чем домен DinB_2, представленность которого в эукариотах заметно низка.

Задание4.

Представленность изучаемых доменов в белках Bacillus subtilis

№	PFAM ID	Bacillus subtilis
1.	DinB_2	3

1657 белков обладает той же доменной организацией, что и изучаемый белок (т.е. присутствует единственный домен DinB_2). Исходя из таблицы можно полагать, что частота доменов в белках изучаемой бактерии крайне низка.

Задание5. Примеры разных доменных перестроек.

Домен PF03781 (FGE-sulfatase) встречается в сочетании с разными доменами, причем часто вместе с DinB_2.
B0XUL4_ASPFC :
Q8E929_SHEON:

Домен PF01590 (GAF) встречается в разном количестве. .
B8G421_CHLAD :
Q47MZ6_THEFY:

Домен PF12867 (DinB_2) бывает как на N-, так и на С-конце последовательности.
D4DLH1_TRIVC :
Q8E929_SHEON:

Задание6.

InterPro. Разметка мотивов белка yfit_bacsu.

Самый короткий мотив - MDMPI_N (Mycothiol maleylpyruvate isomerase N-terminal domain - принадлежит клану DinB). Описан в банке Pfam.
Самый длинный мотив - YfiT_hydrol (интегрирован). Описан в банке HAMAP. Также SSF109854 из SuperFamily имеет такую же длину.
Первая структурная подпись интегрирована в InterPro.