Задание 1

  • Все поисковые системы достаточно удобно представляют информацию (деление на блоки, наличие гиперссылок на статьи и пр), но мне показался наиболее удобным MRS.
  • Наглядное представление Features наиболее легко воспринимаемо в SRS и UniProt, где даны соотношения элементов вторичной структыры, их взаимное расположение посредством диаграмм и пр.
  • В SRS последовательность может быть представлена в форматах FASTA, GCG, PIR, Pretty.
  • SRS и UniProt имеют большое количество перекрестных ссылок, что может быть весьма полезным при работе.
  • Дизайн представленной информации показался мне наиболее загроможденным в SRS.

    Задание 2

  • Названия таксонов, начинающихся с Bacil: Bacillales Bacillaceae Bacillus Bacillus cereus group bacillariaceae bacillariales bacillariophyceae bacillariophycidae bacillariophyta.
  • В банке SwissProt записей, описывающих белки из рода Bacillus, 15224.
  • В банке SwissProt записей, описывающих белки из отдела Firmicutes, 67277.

    Задание 3

    Формулировка функции белкаСтрока запросаКоличество найденных документов
    Metal-dependent hydrolase ([swissprot-Taxonomy:Firmicutes*] > ([swissprot-CommentType: function] & (([swissprot-Comment:metal-dependent*] & [swissprot-Comment:hydrolase*]) | [swissprot-Comment:metal-dependent hydrolase*])))  206 

    Задание 4

    Один из результатов запроса

    Задание 5

    Сфера научных интересов А.А. Нейфаха, насколько это можно утверждать из комментариев к статьям, касается белка multidrug efflux transporter.
    Exel

    Задание 6

  • Использование перенаправления выходных данных одной команды на вход другой команды.
    Команда: grep "^ID" bacsu.gbk | wc -l
    Результат: 18202 записи.
  • Команда: grep "^RN" bacsu.gbk | grep "1[012345]" | wc -l
    Результат: 42.
    ©Vakil Takhaveev